Kecamatan Pancoran merupakan bagian dari Kecamatan Mampang Prapatan sampai tahun 1985. Saat itu, Pancoran masih berstatus sebagai kecamatan perwakilan di dalam Mampang Prapatan. Hingga pada tanggal 18 Desember 1990, Pemerintah Republik Indonesia mengeluarkan Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 60 Tahun 1990 yang mengatur pembentukan kecamatan baru di wilayah DKI Jakarta.
Kecamatan Pancoran bersama dengan kecamatan Johar Baru di Jakarta Pusat, kecamatan Palmerah, kecamatan Kalideres, dan kecamatan Kembangan di Jakarta Barat, kecamatan Pesanggrahan dan kecamatan Jagakarsa di Jakarta Selatan, kecamatan Duren Sawit, kecamatan Makasar, kecamatan Cipayung, dan kecamatan Ciracas di Jakarta Timur, dan kecamatan Kelapa Gading dan kecamatan Pademangan di Jakarta Utara dimekarkan dari kecamatan induk yang membawahi wilayah kecamatan tersebut.
Awal mula nama Pancoran berasal dari dongeng Betawi yang menggambarkan sebuah kerajaan di Jakarta Selatan dengan seorang raja yang mempunyai tiga orang anak. Ketiga anak tersebut masing-masing disebut Pangeran Jaya, Pangeran Suta, dan Pangeran Gerinda.
Pada suatu hari, raja yang bijaksana ini berencana memilih salah satu dari putranya untuk meneruskan takhtanya dan untuk mengetahui siapa yang akan menjadi penerus takhtanya, raja pun mengirim ketiga putranya untuk melakukan perjalanan dan meninggalkan istana ke belahan dunia untuk menempuh sebuah ujian.
Dan tidak lama kemudian mereka pun memulai perjalanan. Selama berada di perjalanan, kedua putra itu kehausan, yakni Pangeran Suta dan Pangeran Gerinda. Mereka ingin meminum sebuah air pancuran yang ada di sekitar mereka, namun Pangeran Jaya, sang kakak sudah melarang nya, akan tetapi mereka tetap meminum air pancuran tersebut karena sudah merasa terlalu haus. Lalu Pangeran Jaya, sang kakak kebingungan, karena kedua adiknya, Pangeran Suta dan Pangeran Gerinda tiba-tiba tewas.
Dan tidak lama kemudian tiba-tiba ada seorang kakek muncul. Ia juga mengatakan bahwa kedua adik nya telah mengambil dan meminum air dari pancuran tersebut tanpa meminta izin, dan hal ini lah yang menyebabkan kedua pangeran tersebut terbunuh. Pangeran Jaya merasa sangat sedih karena mendengar adik-adiknya sudah tewas. Pangeran Jaya tak segan-segan meminta tolong kepada sang kakek untuk mengembalikan nyawa adik-adiknya yang tewas itu.
Kemudian, sang kakek menawarkan nyawa Pangeran Jaya untuk menggantikan nyawa kedua adiknya tersebut. Tidak pikir panjang, Pangeran Jaya pun menyetujui saran dari kakek tersebut. Dan Pangeran Jaya pun meminum air pancuran itu dan tidak lama kemudian kedua adiknya bangkit kembali. Namun anehnya, setelah Pangeran Jaya meminum air pancuran tersebut, Pangeran Jaya masih tetap hidup. Hal itu pun membuat kedua adiknya merasa kaget.
Dan sang kakek meminta kepada ketiga pangeran tersebut untuk mencabut tongkat yang kakek itu tancapkan, kemudian kakek itu berkata bahwa yang mencabut tongkat tersebut akan menjadi ahli waris kerajaan. Pangeran Suta dan Pangeran Gerinda tidak bisa mencabut tongkat tersebut, akan tetapi pada saat Pangeran Jaya mencoba mencabutnya, ia berhasil mencabut tongkat yang kakek itu tancapkan.
Kemudian Pangeran Suta dan Pangeran Gerinda menyadari bahwa Pangeran Jaya, sang kakak lah yang mampu menggantikan takhta sang Ayah. Dan tidak lama kemudian mereka pun mengucapkan terima kasih kepada sang kakek dan kembali melanjutkan perjalanan nya untuk kembali ke istana dan memberitahukan hal ini kepada sang ayah, bahwa Pangeran Jaya lah yang berhasil mencabut tongkat tersebut. Maka dari itu, terpilih lah sang Pangeran Jaya sebagai pemimpin baru kerajaan untuk menggantikan sang ayah. Dan pada akhirnya, tempat air pancuran yang di minum oleh Pangeran Jaya, Pangeran Suta, dan Pangeran Gerinda disebut Pancoran.