Dalam pengisian jabatan, sesuai amanat UU 3 Tahun 2022 dan Perpres 62 Tahun 2022, Pengisian Jabatan dan SDM di IKN telah menerapkan Asas Keterbukaan dan Asas Partisipatif, mulai dari perencanaan, pengisian jabatan, dan pelantikan pegawai dan pejabat di IKN dilakukan secara transparan kepada publik, sehingga seluruh lapisan masyarakat mempunyai kesempatan yang luas untuk memberikan masukan dan partisipasi secara langsung (direct partisipative) serta sesuai dengan Perpres 62 Tahun 2022 untuk afirmasi putra/putri yang berasal dari Kalimantan Timur adalah minimal 2 Jabatan Deputi yang saat ini sudah terisi oleh Putra dan Putri terbaik dari Kalimantan Timur (Deputi Bidang Sosial, Budaya, dan Pemberdayaan Masyarakat dan Deputi Bidang Lingkungan Hidup dan Sumber Daya Alam).
Mengingat bahwa dalam IKN proses pemilihan atau pengisian jabatan kepala daerah dilakukan dengan proses penunjukkan dari presiden yang oleh presiden guna menyaring kepala daerah melakukan model seleksi selayaknya proses seleksi CPNS yang panitia seleksinya diserahkan oleh Badan Otorita IKN (OIKN). OIKN telah mengadakan berbagai kegiatan guna mengikutsertakan putra putri terbaik yang berasal dari Kalimantan Timur seperti mengajak bergabung ke Otorita IKN, Sosialisasi seperti IKN Goes To Campus, dan Pelatihan kepada masyarakat sekitar KIPP seperti Coding Mom, dan pelatihan Wirausaha.
Adapun jika melihat dengan pengisian jabatan dalam Provinsi DIY yang mana secara konsep umum memiliki kesamaan dengan IKN yakni sama-sama tidak melalui proses pemilihan umum secara langsung oleh Masyarakat. Hal ini ditegaskan secara jelas dalam UU RI No. 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan DIY yang mana dalam UU Keistimewaa tersebut Provinsi DIY memiliki beberapa kewenangan khusus diantaranya mulai dari kewenangan kekhususan pertanahan, tata kelola aparatur dan yang paling terlihat kekhususannya ialah berkaitan dengan pengisian jabatan kepala daerah.
Di Provinsi DIY sesuai dengan UU Keistimewaan kepala daerah yakni Gubernur dijabat oleh Sri Sultan Hamengkubuwono yang berasal dari Kasultanan Yogyakarta dan Wakil Gubernur dijabat oleh Sri Paduka Pakualam dari Kadipaten Pakualaman. Pemasangan kedua gubernur dan wakil gubernur ini apabila dikaji dari politik hukum lahirnya UU Keistimewaan dititik beratkan pada faktor historis dalam kerjaan mataram dahulu yang mana antara Kraton Yogyakarta dengan Kadipaten Pakualaman merupakan satu kesatuan keluarga yang tidak bisa dipisahkan.
Setelah Proklamasi 17 Agustus 1945 berdasarkan amanat kesultanan pada tanggal 5 September 1945 Dictum 1 yaitu "Bahwa Negeri Yogyakarta Hadinigrat yang bersifat kerajaan adalah daerah istimewa dari Negara Republik Indonesia" hal ini menyatakan bahwa Sultan Hamengku Bowono IX dan Paku Alam VIII memutuskan untuk menjadi bagian istimewa dari Indonesia serta sesuai dengan amanat 5 September 1945 Dictum 2 "Bahwa kami sebagai Kepala Daerah memegang segala kekuasaan dalam Negeri Yogyakarta hadiningrat, dan oleh karena itu berhubungan dengan dewasa ini segala urusan pemerintahan dalam Negeri Yogyakarta Hadiningrat mulai saat ini berada ditangan kami dan kekuasaankekuasaan lainnya kami pegang seuruhnya" maka jabatan Kepala Daerah dan wakil Kepala Daerah tetap dipegang oleh Sultan dan Paku Alam.
Tidak lama setelah dikeluarkannya amanat Kesultanan dan amanat Kadipaten Paku Alam, Presiden Negara Republik Indonesia yang saat itu dijabat oleh Soekarno memberikan Piagam Kedudukan yang sebenarnya dikeluarkan pada tanggal 19 Agustus 1945 tetapi setelah ada negosiasi dengan wakil Kesultanan Yogyakarta yang menjadi anggota Panitia Persiapan Kemerdekaan Indonesia (PPKI) yaitu Pangeran Puroboyo tentang kesanggupan Kesultanan untuk berdiri di belakang Republik yang baru dua hari maka piagam ini akhirnya diberikan pada tanggal 6 September 1945 setelah diumumkannya amanat 5 september 1945. Piagam kedudukan berisi ini sebagai jaminan status khusus bagi kedua kepala kerajaan tersebut sebagai imbalan karena mau bergabung dengan Indonesia. Kemudian barulah di tahun 2012 piagam kedudukan tersebut dibuatkan sebuah undang-undang yakni undang-undnag keistimewaan.
Dari uraian tersebut maka dapat dilihat bahwa alasan terkait dengan ke khususan dari Provinsi DIY dalam pengisian jabatan kepala daerah didasarkan atas historis atau fakta Sejarah terkait dengan sumbangsih kasultanan Yogyakarta dan Kadipaten Pakualaman. Hal ini berbeda dengan politik hukum IKN dijadikan daerah khusus yang mana alasan adanya kekhususan di IKN dikarenakan IKN sebagai ibukota negara sehingga memiliki pengaturan khusus di dalamnya.