Pada tahun 1907 Wahidin Sudirohusodo berkunjung ke Stovia yang di mana Stovia itu adalah tempat sekolah pada masa itu.Pada saat di Stovia Wahidin bertemu dengan para pelajar yang bersekolah di situ.Lalu pada saat itu ia menyarankan pada para siswa untuk membentuk suatu Organisasi yang dapat mengangkat derajat bangsa.Selain itu,Wahidin juga ingin mendirikan suatu Organisasi dalam bidang pendidikan untuk bisa membantu para orang-orang pribumi yang berprestasi dan yang mereka juga yang ingin untuk bisa bersekolah dan gagasan ini juga membuat para pelajar di sana tertarik.
Soetomo yang merupakan salah satu pelajar dari Stovia mengadakan pertemuan dengan para murid lainnya untuk membahas gagasan yang di sampaikan oleh Wahidin.Pertemuan di adakan di salah satu ruangan di Stovia yaitu ruangan Anatomi dan di lakukan pada saat jam istirihat atau pada saat jam tidak belajar.
Budi Utomo menjadi salah satu organisasi dan menjadi awak mula era Nasionalisme Indonesia dan di kenal juga dengan Pergerakan Nasional.Seiring berjalannya waktu,organisasi Budi Utomo ini terus bertambah dan berkembang dan banyak juga para tokoh perjuangan bangsa juga ikut masuk ke dalam organisasi Budi Utomo salah satunya Ki.Hajar Dewantara.Berita berdirinya Organisasi Budi Utomo ini tersebar di surat kabar dan menimbulkan gerakan untuk mendirikan cabang di banyak tempat atau kota.Namun,fenomena ini mengancam para petinggi dari Organisasi Budi Utomo ini yang di mana Organisasi ini di anggap menjadi suatu kelompok Organisasi pemberontakan terhadap Hindia Belanda.Atas insiden ini Sutomo dab para pelajar Stovia terancam untuk di keluarkan dari Stovia.