KH. Kholil Bin Mahalli Mendirikan Pondok pesantren Al-hikmah 2 Pada Tahun 1911 beliau mendirikan Pondok Pesantren tersebut seusai pulang dari menuntut ilmu, Pondok pesantren ini yang awal mulanya adalah pondok salafiyah akhirnya sekarang menjadi pondok pesantren modern.
Dan Seusai beliau wafat Pondok Pesantren tersebut diasuh oleh KH Suhaemi atau biasa dipanggil dengan nama terkenalnya yaitu ( Mbah Suhaemi), setelah Mbah suhaemi juga wafat pada tahun 1961 kemudian Alhikmah 2 dikembangkan oleh KH. Masruri Abdul Mughni yang biasa disebut dengan Abah Masrur, Beliau adalah seorang cucu dari KH Kholil Bin Mahali, beliau adalah seorang kyai yang sangat wibawa dan juga sangat cerdas beliau adalah lulusan dari Ponpes Tambak Beras Jombang Jawa Timur.
Pondok Alhikmah 2 terletak di Desa Benda Bumiayu Brebes Jawa Tengah, Dan Pondok pesantren ini sekarang berkembang dengan sangat pesat dengan mempunyai banyak santri sekitar 8000 santri, kemudian Alhikmah 2 mempunyai banyak bidang pendidikan antara lain
- STAI Alhikmah 2
- AKPER Alhikmah 2
- Mahad aly Alhikmah 2
- Madrasah Mualimin Mualimat Alhikmah 2
- Madrasah Aliyah Alhikmah 2
- SMK Wicaksana Alhikmah 2
- SMA Alhikmah 2
- SMP Alhikmah 2
- MTS Alhikmah 2
- MI Alhikmah 2
- TK Alhikmah 2
- Dsb
Selain itu Pondok pesantren ini mempunyai bidang pendidikan non formal yaitu tahfidzul quran dan pendidikan yang mempelajari khusus kitab kitab kuning, sekarang Ponpes Alhikmah 2 sangat terkenal dikalangan masyarakat indonesia,karena pondok tersebut sudah berdiri dari beberapa tahun yang lalu dan pengasuh pondok pesantren nya juga salah satu teman dari KH Abdurrahman Wahid atau sering dipanggil dengan GUS DUR.
Alhikmah 2 adalah salah satu pondok pesantren tertua dipulau jawa, Setelah mengalami pasang surut perkembangannya Alhikmah 2 sekarang berkembang sangat pesat dengan mempunyai lembaga pendidikan seluas 6 hektar, dulu pada tahun 1952 asrama pesantren sempat hancur namun dibangun kembali dan berkembang sampai sekarang.
Kemudian sebelum diasuhnya pondok pesantren alhikmah 2 oleh abah masrur,pengasuh sebelumnya yaitu mbah suhaemi membagi kepengasuhannya menjadi 2 pondok pesantren yaitu Al hikmah 1 dan Alhikmah 2, Alhimah 1 yang diasuh oleh salah satu anak dari KH Suhaemi yaitu KH Shodiq suhaemi.
Dan kemudian Abah Masrur adalah generasi yang mulai pengembangan berdirinya Pondok Pesantren Alhikmah 1 dan Alhikmah 2. Dan Sekarang Pengasuh Ponpes Alhikmah adalah KH Sholahudin Masruri.
