Al-Farabi sangat memperhatikan keberadaan jiwa dalam kaitannya dengan daya pikir, menurutnya jiwa berada dalam tubuh manusia dan berasal dari sepuluh kepala..
Dalam persoalan jiwa ini, Al-Farabi mencoba merangkum pendapat Plato dan Aristoteles. Menurut Plato, jiwa berbeda dengan tubuh, ia merupakan substansi spiritual. Sedangkan menurut Aristoteles, jiwa adalah salah satu bentuk tubuh. Dalam hal ini, Al-Farabi mencoba mencari kompromi antara dua pendapat berbeda tersebut di atas. Menurutnya, jiwa adalah substansi itu sendiri dan bentuk dalam hubungannya dengan tubuh.
Terlihat jelas bagaimana Al-Farabi mengadopsi teori substansi Plato dan teori bentuk dari pada Aristoteles, Diantaranya yaitu :
1. Yang pertama adalah kekuatan gerak, seperti gerak makan, gerak memperoleh dan gerak bereproduksi.
2. Kedua, kekuatan pengetahuan, sebagai pengetahuan dan pengetahuan dalam imajinasi.
3. Ketiga, akal terbagi menjadi nalar praktis dan nalar teoretis.3 Karena nalar praktis dan nalar teoretis masing-masing memiliki tugas yang berbeda, maka nalar praktis menarik kesimpulan tentang apa yang harus dilakukan seseorang. Meskipun akal teoretis membantu dalam kesempurnaan jiwa.
Menurut Al-Farabi, untuk berkomunikasi dengan Tuhan, seseorang harus memiliki jiwa yang murni, kemurnian jiwa. Tidak hanya dicapai melalui tubuh dan tindakan fisik semata. Kesucian jiwa dapat dicapai dengan berpikir dan berpikir ke depan. Menurut Al-Farabi, baik filsafat maupun akhlak mengidealkan kebahagiaan manusia. Kebahagiaan seseorang terwujud ketika jiwanya lengkap. Indikasi kesempurnaan jiwa adalah ketika tidak lagi menginginkan materi. Al-Farabi sendiri, dalam kehidupannya sebagai seorang sufi dan filosof, menganggap jiwa sufinya sangat dalam mampu berkomunikasi dengan Sang Pencipta dalam asketisme hidup. Itu menjadikan kemurnian jiwa sebagai dasar filosofi sejati. Maka dari itu bagi Al- farabi sendiri kebahagiaan memeiliki bentuk khas kelezatan jasmani dan dan aqli.
Pentingnya menjaga kesehatan jiwa sangat juga dipengaruhi oleh hal – hal yang harus diperhatikan, sepertihalnya manusia harus meningkatkan daya pikirnya dengan benar, dan juga mampu untuk membedakan antara mana yang baik dan juga buruk serta mempunyai kemauan yang keras, pada saat manusia sudah melakukan hal tersebut maka ada hasil lain yang berupa mampu berpikir secara teoritis, memililki pemikiran praktis, dan juga menimbulkan sikap mental yang benar dan perbuatan yang benar
