Ada tiga hal yang dapat kita pakai dalam pencarian sumber kebenaran. Meskipun sejatinya kebenaran itu miliknya tuhan, tetapi manusia diciptakan oleh tuhan dan dibekali sesuatu yang sangat luar biasa yaitu akal pikiran. Akal ini lah yang membuat manusia berbeda dengan mahluk tuhan lainnya. Tiga hal tersebut adalah ilmu pengetahuan, agama dan filsafat. Meskipun dalam mencari kebenaran, namun ketiganya tidak bisa dikategorikan sebagai sesuatu yang sama (sinonim).
Secara umum filsafat dianggap sesuatu yang bebas karena dalam filsafat berpikir secara bebas dan tanpa batas oleh karena ini banyak tercipta ilmu ilmu baru setelah kemajuan filsafat pada era Yunani kuno tempat pemikir filsafat muncul. Sedangkan agama lebih mengedepankan wahyu/ilham dari tuhan sebagai pemikirannya. Agama menganggap Tuhan sebagai sebuah kebenaran tidak bisa ditolak lagi. Sedangkan ilmu pengetahuan adalah sebuah metode atau sistem untuk mencari kebenaran. Kesamaan antara filsafat dan ilmu pengetahuan adalah keduanya tidak memiliki tokoh sentral yang menjadi sebuah patokan. Namun, dilihat pada era sekarang manusia telah bisa memadukan antara ketiga hal tersebut dalam memecahkan masalah dan kebenaran. Seperti ahli agama menggunakan ilmu pengetahuan dan filsafat sebagai alat untuk mempertajam pemahaman keagamaannya, sehingga kebenaran agamanya semakin kuat. Sedangkan ahli filsafat melihat agama dengan pemikiran yang mendalam sehingga seorang ahli filsafat dapat memperoleh kebenaran dari agama paling hakiki. Sedangkan ilmu pengetahuan hanyalah alat/metode paling sederhana untuk memperoleh kebenaran, oleh karena itu ilmu pengetahuan bisa dipakai siapapun dalam penggunaanya, namun setiap orang berbeda beda pengalaman pengetahuan dalam penggunaan ilmu pengetahuan ini sendiri.
Pengertian ilmu atau dalam Bahasa inggris science sebuah metode atau sistem yang digunakan untuk mengkonstruksi sedemikian rupa menurut bidang masing masing hingga menjadi satu kesatuan, setelah proses tersebut barulah pengetahuan yang masing masing didapatkan melalui hasil penelitian dan pemeriksaan dengan metode metode tertentu. Ilmu memiliki ciri ciri dan tanda tertentu yaitu sistematik, rasionalitas, empiris, dan umum. Titik puncak ilmu ini adalah terciptanya teori dikarenakan adanya proses yang sedemikian rupa dengan metode tersebut maka akan ada muncul sebuah kebenaran. Tetapi, sifat kebenaran sebuah teori ini masih hanya sekedar sementara selama belum ditemukannya pembanding teori pertama tadi. Bisa juga teori tersebut malah akan mengalami penambahan penambahan yang semakin melengkapinya, selama tidak merusak atau merombak struktur substansi teori pertama tadi. Hal ini terjadi karena ilmu bersifat dinamis, akan berkembang seiring perkembangan riset riset yang dilakukan manusia.
Pengetahuan atau dalam Bahasa inggris disebut knowledge adalah memahami simbol lewat simbol pengetahuan didapatkan secara empiris karena ada objek yang ditangkap langsung oleh panca indera kita. Dapat kita lihat bahwa jika keduanya digabung maka ilmu pengetahuan adalah suatu sistem memahami simbol lewat simbol yang di dapatkan secara empiris, rasional dan umum suatu objek yang ditangkap langsung oleh panca indera kita. Ilmu pengetahuan lahir dari asumsi asumsi kepada objek kemudian muncul namanya eksperimen. Hasil dari eksperimen itu nanti akan dijadikan untuk dasar pengetahuan. Banyaknya eksperimen yang dihasilkan manusia, maka terdapat banyak juga cabang yang dihasilkan dari ilmu pengetahuan ini seperti jika kita meneliti sistem pencernaan manusia, sistem kerja pernafasan dan lain lain yang menyangkut anggota tubuh manusia maka terjadi penggolongan ilmu pengetahuan yaitu biologi.
Filsafat berasal dari kata filosofi serapan Bahasa Yunani yaitu Photoshop yang artinya adalah cinta kebijaksaan. Kebijaksanaan ini berarti bahwa filsafat tidak serta merta langsung untuk memvonis suatu hal. Filsafat melihat benda dari sudut pandang yang berbeda dari sudut pandang orang yang biasa. Karena filsafat juga dapat dikatakan usaha untuk mendapatkan gambaran dari berbagai macam hal secara keseluruhan.
Arti penting filsafat dan ilmu pengetahuan terasa saat kita dewasa ini adalah untuk memperhitungkan atau mempertemukan satu disiplin ilmu dengan disiplin ilmu lain.di zaman sekarang dan masa yang akan datang mengharuskan ilmu pengetahuan memperlihatkan eksistensinya untuk menghadapi persoalan persoalan manusia yang semakin kompleks dan rumit. Seperti ekonomi, sosial budaya, teknologi dan ekologi. Yang tidak hanya bisa diselesaikan oleh ilmu pengetahuan melainkan harus dengan filsafat juga. Filsafat ilmu erat kaitannya dengan epistemologi. Yang secara umum menyelidiki syarat syarat serta bentuk bentuk pengalaman manusia secara keseluruhan.
Agama merupakan sistem kepercayaan terhadap sesuatu yang dianggap memiliki supranatural (Tuhan). Agama ini merupakan sistem peribadatan dan penyembahan terhadap yang mutlak dengan sistem peraturan yang mengatur hubungan antar manusia, manusia dengan alam, dan manusia dengan tuhan. Dengan demikian unsur unsur agama meliputi kepercayaan, peribadatan, dan norma. Agama merupakan sumber utama moral penilaian mengenai yang baik dan buruk. Agama memberikan petunjuk tentang tujuan yang harus dicapai manusia. Agama juga tentang pendapat keseluruhan tentang Tuhan, dunia, hidup, mati, tingkah laku serta baik buruknya yang bedasarkan wahyu. Wahyu adalah penerangan Tuhan secara istimewa kepada manusia secara langsung ataupun tidak langsung.
Kaitan antara filsafat dan agama adalah mencari sebab sedalam dalamnya. Dalam hal ini berbeda dengan ilmu. Dalam alat dan kemampuan berfikir, filsafat mempergunakan pikiran. Alat penerangan yang ada di agama adalah wahyu. Dengan akal budi manusia mencoba untuk memahami hal hal yang diwahyukan, berusaha pula untuk mengambil kesimpulan dari kebenaran kebenaran yang telah diwahyukan oleh oleh Tuhan itu sendiri. Bukti bukti kebenaran lalu juga bukan kodrat melalui indera melainkan adi kodrati, yang artinya dasar dasarnya, ialah kalau benar benar diwahyukan, maka mereka benarlah ini usaha untuk manusia untuk merenungkan kebenaran dalam ajaran yang disebut teologi.
Oleh karena itu, filsafat menyelidiki segala sesuatu, pertemuan penyelidikan dengan teologi banyak juga. Filsafat menyelidiki dan mempelajari tentang pendapat tuhan, adanya sifatNya, hubungan bagi manusia dan dunia. Maka filsafat tentang Tuhan ini dalam hal kodrati saja. Adapun pengetahuan yang luas dan mendalaminya berlainan dengan yang diterima dari firman tuhan yang mengetahui kodrat kami, disebut adi kodrati. Oleh karena itu filsafat hanya menyelediki segala sesuatu yang yang ada dan mungkin ada , dapat saja agama yang terang ad yaitu filsafatnya, artinya ditinjau dari segi filsafatnya
Hubungan antara intelektualitas dan spiritualitas memiliki hubungan yang sangat erat serta memiliki dua hubungan dua muka secara tradisional yang dipahami dan yang konsen dalam pengetahuan dengan kultur islam diperhatikan dalam dunia spiritual membentuk paguyuban disertai ditarik menarik yang sangat kuat dalam satu agama. Kenyataan ini secara pasti benar pada faktor faktor yang telah dianggap sebagai elemen anti intelektual dalam dunia islam. Filsafat islam merupakan suatu komponen penting pada tradisi intelektual islam, dan para filsuf memiliki spiritual yang sama dalam dengan pengetahuan diantara para sufi. Lebih dari itu filsafat islam telah memainkan suatu permainan penting dalam perkembangan ilmu kalam, tidak sebagaimana ilmu ilmu lain seperti matematika, astronomi, kedokteran yang terinspirasi oleh filsafat. Para filsuf menganggap bahwa panggilan kebenaran menjadi panggilan tertinggi dalam filsafat, tetapi itu tidak berarti ketundukan wahyu pada penalaran, seperti pendapat Sebagian orang. Lebih tepatnya dikatakan sebagai jalan untuk mencapai kebenaran puncak wahyu melalui pengetahuannya.
Ilmu pengetahuan, filsafat dan agama adalah bertujuan setidaknya berurusan dengan hal tentang mencari kebenaran. Seperti ilmu pengetahuan mencari kebenaran melalui rasio akal lewat penelitian penelitian yang kemudian menjadi teori kemudian agama menjelaskan tentang kebenaran dan juga filsafat mencari kebenaran menggunakan akal pikiran dan logika. Jadi, filsafat berusaha mencari kebenaran sedangkan agama adalah berusaha menjelaskan kebenaran itu, maka tidak semua kandungan yang ada didalam al qur'an itu sifatnya komunikatif, akan tetapi banyak juga yang sifatnya konfirmasi yaitu membenarkan, membenarkan, mempertegas dan menguatkan. Sedangkan ilmu pengetahuan pun mecari dengan metodenya tentang kebenaran itu sendiri bisa tentang alam semesta dan seisinya dan termasuk didalamnya adalah manusia.lingkup kajian filsafat lebih luas dari pada ilmu pengetahuan dan agama. Persoalan persoalan yang tidak bisa dijelaskan oleh ilmu pengetahuan dapat dijelaskan oleh filsafat seperti hal yang berhubungan dengan metafisika. Filsafat dapat menjelaskan itu.