''kultur itu tidak dilawan, namun di ubah ke lebih yang bermanfaat sesuai nilai-nilai Islam yang indan nan damai''
Asimilasi antara Islam dan budaya lokal menguatkan konsep harmonis bahwa Islam dan budaya lokal dapat hidup berdampingan, di mana nilai-nilai agama Islam dan nilai-nilai tradisional telah mengalami akulturasi dan bersentuhan secara langsung yang ditunjukkan melalui arsitektur tempat suci. awal kemunculan Islam di pulau Jawa terjadi kemajuan pesat dimana peran yang dampaknya sangat terasa yaitu melalui penyebaran pola budaya hingga hidup bermasyarakat. Sebab Islam membawa nilai peradaban baru bagi masyarakat.
Sejarah penyebaran agama Islam di tanah Jawa tidak bisa terlepas dari keberhasilan proses Islamisasi yang dilakukan para Wali Songo dengan tidak memaksakan Islam sebagai agama pendatang baru sehingga unsur-unsur kultural yang selaras dengan masyarakat kala itu digunakan agar lebih mudah diterima dengan baik. Ini menjadikan Islam sebagai agama yang pluralistis semenjak awal kelahirannya. Sunan Kalijaga ngendikan bahwa penyebaran agama Islam harus diselaraskan dan membaur dengan kepercayaan lama agar dapat diterima dengan baik.
Masjid merupakan pusat kegiatan keagamaan umat Islam. masjid yang yang dibangun nabi Muhammad Bentuknya segi empat dan dinding yang berfungsi sebagai batas. Di bagian dalam dibangun mihrab serta serambi yang tersambung dengan lapangan terbuka. Ini menjadi bagian tengah dari masjid itu. Bagian pintu masuknya diberi gapura. Bahan-bahan bangunan yang digunakan sangat sederhana, misalnya, batu alam atau batu gunung, pohon, dan daun kurma. Namun, bangunan sederhana itu menjadi prototipe bangunan masjid pada masa-masa berikutnya.
Masjid Menara Kudus mempunyai luas 1.723,84 m yang dibangun di lahan seluas 6.325 m. Masjid Al-Manar atau Al- Aqsa yang pernah direnovasi pada 1919, 1933, 1976, dan 1978. Masjid Menara Kudus seluas 1.723,84 m2 di lahan seluas 6.325 m2, terdapat dua gapura kembar gaya Hindu di serambi luar. Awalnya gapura merupakan benteng pelindung masjid di era wali. Panjangnya 548 cm, lebar 272 cm, tinggi 625 cm, lebar pintu 116 cm, dan tinggi pintu 271 cm. Gapura kembar bagian dalam merupakan pintu masuk masjid. Juga terdapat menara berukuran 10 m, tinggi 18 m, bahan bangunannya dari batu bata merah, sirap, dan perekat batu bata dengan susunan selasar batu, kaki, tubuh bangunan dan atap. Pada bagian kaki (dasar) menara terdapat ornamen geometrik yang berupa batu hiasan segi empat yang setiap ujungnya disambung hiasan segi tiga. tembok menara dilakukan tahun 1880, 1913, dan 2014. Adapun rehab selasar menara dilakukan tahun 1933.
Tim Balai Pelestarian Cagar Budaya (BPCB) Jawa Tengah, pada tahun 2014, memugar Menara Masjid Al-Aqsha Kudus dan melanjutkan pemugaran tahun 2011, Pada 5 November 1933 M dilakukan perluasan serambi Masjid Al- Aqsha. Renovasi pawastren (untuk salat perempuan) dilakukan tahun 2011 dan renovasi tajug dilakukan tahun 2013. Pemugaran pada 2013 dilakukan bagian mustaka atau atap serta sirap dan mengganti 3.000 buah batu bata yang rapuh di 28 lapis. Pemugaran pada Mei 2014 merevitalisasi batu bata yang 80 % rapuh diganti yang diganti baru. Terdapat 10 ribu batu bata yang diganti karena rapuh. Teknik penggantian dilakukan secara konvensional, yakni melepas satu per satu agar tidak mengganggu konstruksi. Pengerjaan dengan pola konsolidasi, yakni dari atas ke bawah karena medan yang sulit dan untuk kenyamanan peziarah. Untuk batu batu, relief yang klasik dan kondisinya rusak atau hilang dilakukan repro agar tidak menghilangkan nilai sejarah.
Majalah Konstruksi edisi Mei 1988, pada halaman 45, memaparkan sejarah singkat perkembangan masjid Menara Kudus. Pada awal pendiriannya, masjid berbentuk payung, seluas 20 m2 dengan satu tiang di tengah. Masjid yang semula sederhana, kemudian mengalami beberapa kali perluasan untuk menampung jamaah yang semakin meningkat jumlahnya. Pada tahun 1919, masjid diperluas hingga ke pintu kori agung pertama dengan penutup atap berbentuk atap tajug tumpang tiga. Juga di samping kirinya sudah dibangun madrasah. Pada tahun 1925, masjid diperluas lagi sampai ke pintu kori agung kedua berupa bangunan serambi dengan atap berbentuk limasan, dan tahun 1933 ditambah serambi sampai halaman paling depan. Penutup serambi ini berupa atap pelana dan pada bagian paling timur berupa atap berbentuk kubah.
Komplek Menara Kudus merupakan tempat yang sangat religi sekali dan tempat ini dibatasi batu merah dengan dua pintu utama berupa gerbang menuju ke menara dan ke masjid. Bagian bagian dari menara selain terdapat bangunan induk menara, terdapat pula bangunan lainnya seperti:
- Masjid, yang merupakan tempat untuk beribadah bagi umat Islam. Masjid ini berada tepat di samping kanan Menara Kudus.
- Museum, yang didalamnya terdapat barang-barang peninggalan bersejarah yang berhubungan dengan Menara Kudus.
- Makam Sunan Kudus dan Para Pangeran-Pangeran, yang di dalamnya terdapat makam dari Sunan Kudus dan Para Pangeran-Pangeran dari Kudus yang makamnya hampir berdampingan.
- Ruang peristirahatan tamu, yang digunakan tempat beristirahat bagi tamu yang berkunjung di Menara Kudus.
- Kantor Pengelola, digunakan sebagai tempat untuk mengelola dan mengurusi administrasi pada Menara Kudus.
- Perpustakaan, digunakan untuk meyimpan dan meminjamkan litertur-literatur mengenai pengetahuan tentang Islam.
- Lembaga pengembangan Islam, digunakan untuk mengadakan seminar-seminar atau diskusi mengenai pekembngan Islam dalam Masyarakat.
- Tempat parkir sepeda atau sepeda motor, digunakan sebagai tempat penitipan sepeda atau motor bagi para pengunjung menara dan makam dari Sunan Kudus yang ingin berziarah yang berada di dekat lokasi atau jauh dari lokasi tapi masih dalam satu Kabupaten Kudus.
- Paseban, digunakan sebagai tempat untuk menampung pengunjung yang berziarah ke makam Sunan Kudus.
- Tempat wudlu, digunakan bagi para pengunjung untuk melakukan wudlu sebelum melakukan ibadah sholat.
Objek purbakala di lingkungan masjid berupa (1) dua gapura kembar gaya Hindu di serambi luar dan di dalam masjid (awalnya benteng pelindung masjid era kewalian), gapura padureksan (di luar masjid), gapura samping masjid, dan gapura tajug (sisi samping belakang masjid). Gapura kembar bagian dalam merupakan pintu masuk masjid. Terdapat menara bahan bangunannya batu bata merah, sirap, dan perekat batu bata dengan susunan selasar batu, kaki, tubuh bangunan, dan atap. Pada bagian kaki (dasar) menara terdapat ornamen geometrik berupa batu hiasan segi empat yang setiap ujungnya disambung hiasan segi tiga. Bentuk gapura serupa dengan pura. Melekatnya budaya Hindu yang diadaptasi pada budaya Islam membentuk perpaduan budaya yang unik antara budaya Islam dengan Hindu, (2) tempat wudlu (padasan) yang terdiri atas delapan pancuran (kran) hingga kini masih utuh; (3) tajug, tempat musyawarah Sunan Kudus (pada masa kini, khususnya bulan Ramadan, digunakan untuk mengaji kitab kuning pada sore hari) dan tempat menyimpan keris serta tombak Sunan Kudus dalam peti.
Masjid Menara Kudus ini terdiri dari 5 buah pintu sebelah kanan, dan 5 buah pintu sebelah kiri. Jendelanya semuanya berjumlah 4 buah. Pintu besar terdiri dari 5 buah, dan tiang besar di dalam masjid yang berasal dari kayu jati ada 8 buah. Namun masjid ini tidak sesuai dengan arsitektur dan keadaan aslinya, sekarang tampak lebih besar dari semula karena pada tahun 1918an telah mengalami renovasi. Di dalamnya terdapat kolam masjid, kolam yang berbentuk "padasan" sebagai tempat wudhu