Semenjak kemerdekaan Indonesia, PKI berusaha untuk mencari seorang pemimpin yang bisa menyaingi Soekarno dan Hatta. Kegagalan pemberontakan PKI tahun 1926 mengakibatkan banyak petingginya yang lari ke luar negeri, dan hanya menyisakan Amir Syarifuddin saja sebagai pemimpin yang bertaraf nasional. Kejatuhan Kabinet Sjahrir pada tahun 1947 membuat Amir ditunjuk oleh Soekarno untuk membentuk kabinet baru. Namun karena terjadinya Agresi Militer Belanda I dan Perundingan Renville membuat Kabinet Amir harus dibubarkan dan digantikan oleh Kabinet Hatta pada tahun 1948, dimana mereka akan berfokus pada (1) Penyelenggaraan Perjanjian Renville, (2) Membentuk RIS, (3) Rekonstruksi dan Rasionalisasi angkatan perang (RERA).
Para kelompok kiri tidak dilibatkan dalam pembentukan kabinet Hatta, karena mereka tidak mendapatkan apa yang mereka mau, yaitu sekurangnya 4 kursi dalam kabinet dan jabatan menteri pertahanan. Sehingga kelompok kiri seperti FDR/PKI menjadi pihak oposisi dalam kabinet dan seringkali mengecam kebijakan Hatta, terutama dalam hal RERA, dimana pihak FDR/PKI berpendapat pengurangan jumlah angkatan perang dapat mengurangi kapabilitas Indonesia dalam berperang.
Sebetulnya ini bukan pertama kalinya PKI menanamkan ideologinya dalam APRIS. Semasa Amir Syarifuddin masih menjabat menteri pertahanan, ia banyak melantik perwira Pepolit untuk menanamkan ideologi komunisme pada tentara Indonesia. Hal ini ditambah oleh mosi Baharudin dari sayap kiri kepada KNIP untuk menempatkan APRI dibawah kementrian pertahanan. Hal ini menimbulkan terjadinya dua cabang militer, yaitu militer dibawah kementrian pertahanan yang dipimpin Amir dan militer dibawah markas besar tentara (MBT) yang dipimpin oleh Jendral Sudirman.
Posisi FDR/PKI semakin terpojok ketika Rustam Effendi membuka peranan FDR/PKI dalam perjanjian Linggarjati dan Renville, dimana mereka membantu Belanda lewat Partid van den Arbeid. Amir pun terpaksa mengakui bahwa ia mendapat dana f25.000 dari Van Der Plas. Hal ini membuat FDR/PKI menaruh dendam pada Kabinet Hatta, serta membuat mereka gencar menghalangi progres Divisi Siliwangi di Jawa Tengah. Soekarno pun memerintahkan untuk menggeledah rumah Amir, dimana ia menemukan dokumen-dokumen FDR/PKI berisi rencana penggantian kabinet Hatta dan rencana pemberontakan di Madiun. Soekarno langsung memerintahkan A.H. Nasution untuk menyusun rencana dalam menumpas pemberontakan PKI Madiun, namun pada saat pengesahan rencana, FDR/PKI sendiri sudah melancarkan pemberontakannya dalam usaha mendirikan Negara Soviet Indonesia.
FDR/PKI melancarkan pemberontakan pada 18 September 1948 di Madiun, dimana suasana pemberontakan terlihat kacau, dengan orang-orang FDR/PKI menduduki fasilitas apapun yang bermanfaat. Ratusan FDR/PKI menyerbu kantor polisi di Gorang Gareng, dimana banyak terjadinya baku tembak antara dua pihak. Banyak anggota-anggota polisi yang terbunuh dari peristiwa itu, sisanya ditawan dan dibantai pada keesokan harinya. Depo Militer V pun diserang oleh para simpatisan PKI, meskipun terdapat waktu bagi batalyon disana untuk bersiap siap. Depo Militer V terbilang lemah dan kalah jumlah, karena pada saat itu ada batalyon yang dikirim ke Cepu untuk menghadapi agresi militer Belanda dan satu batalion lagi dikirim untuk meminta bantuan ke Sarangan, sehingga perwira militer disana menyerah dan dibawa ke daerah Panekan untuk disekap.
FDR/PKI juga melancarkan pembantaian-pembantaian di daerah sekitar Madiun. Bekasnya terdapat di Lembah Parang, dimana disana ditemukan dua lubang pembantaian dengan masing-masing enam jenazah. Korbannya sendiri merupakan kepala desa dari sekitar daerah kecamatan Parang, dan kebanyakan merupakan lurah. Rakyat kecil pun tidak lepas dari ancaman FDR/PKI. Jika mereka tidak mau menjadi anggota FDR/PKI mereka tentunya akan dibunuh juga. Karena hal inilah banyak masyarakat yang membantu tentara dalam menumpas gerakan FDR/PKI dengan menyediakan mereka makanan, memberikan informasi mengenai persembunyian PKI, dan rencana-rencana PKI selanjutnya.
Memasuki hari ketiga pendudukan FDR/PKI di Magetan, kesatuan dari Tentara Republik Indonesia Pelajar (TRIP) dan Tentara Genie Pelajar masih belum tunduk pada FDR/PKI. Organisasi Mobilisasi Pelajar pun masih ikut setia kepada pemerintah Indonesia. Markas TRIP sempat dilucuti oleh pasukan Pesindo, yang bermula dari adu mulut lalu berubah menjadi adu tembakan dengan hasil 9 orang TRIP ditangkap dan satu dibunuh secara ganas. Karena peristiwa tersebut, gerakan anti Musso merebak di Magetan, dengan banyaknya disebar pamflet-pamflet propaganda anti Musso beserta FDR/PKI nya.
Presiden Soekarno pun tidak tinggal diam. Ia memerintahkan untuk menggeledah rumah Amir Syarifuddin dan menemukan dokumen yang berisi rencana untuk menghancurkan Negara Republik Indonesia. Soekarno menegaskan kepada menteri dalam negeri saat itu, Sultan Hamengkubuwono IX, bahwa gerakan FDR/PKI harus segera ditumpas. Jendral Soedirman memerintahkan Kolonel Sungkowo di Jawa Timur untuk menumpas gerakan FDR/PKI. Soekarno memerintahkan Jendral A.H. Nasution untuk membuat rencana penumpasan PKI Musso di Madiun.
FDR/PKI sendiri telah menyusun taktik untuk menghadapi tentara Indonesia dari arah barat, namun mereka salah perhitungan dalam tentara dari Jawa Timur. Sebelum terjadinya pemberontakan, terjadi ketegangan antara tentara di Jawa Timur dengan MBT di Yogyakarta. Militer Jawa Timur sendiri sudah dua kali menolak perintah dari MBT tentang pengangkatan gubernur militer. Hal ini sendiri mungkin didasarkan dari RERA, dimana banyak perwira militer yang diturunkan pangkatnya oleh pusat.
Situasi ini dimanfaatkan oleh FDR/PKI dengan mengirim Letkol Dachlan untuk menghasut para tentara dari Brigade Surachman untuk bergabung dengan FDR/PKI. Militer Jawa Timur naik pitam setelah mendapat kabar bahwa Kolonel Marhadi, Letkol Wijoyo, dan Mayor Bismo ditangkap oleh FDR/PKI. Letkol Dachlan akhirnya mengajak seluruh perwira militer untuk berunding dengan Kolonel Soengkono sebagai pemimpin rapat.
Namun rapat itu berlangsung sampai semalaman karena situasi panas. Barulah pagi harinya, para perwira militer Jawa Timur mendapatkan informasi bahwa FDR/PKI melakukan makar di Madiun dan Presiden Soekarno telah menyampaikan pidato untuk menumpas pemberontakan tersebut. Jendral Soedirman melalui radio pun mengangkat Kolonel Soengkono sebagai gubernur militer Jawa Timur dan ditugaskan untuk menumpas gerakan FDR/PKI. Letkol Dachlan sendiri ditangkap tanpa sepengetahuan anak buahnya.