Setelah sempat menjadi polemik, RUU pesantren akhirnya disahkan. Meskipun beberapa ormas menyatakan menolak dan sempat melayangkan surat penundaan, DPR tetap mengundangkannya.
Beberapa kalangan mengapresiasi keberadaan UU pesantren ini, karena dianggap memberikan penguatan terhadap lembaga pendidikan pesantren yang merupakan warisan budaya corak pendidikan keagamaan tradisional di Indonesia.
Sejarah pesantren adalah sejarah pendidikan keagamaan di Indonesia. Zamakhsari Dhafier (1982) menyebut keberadaan pesantren sudah ada pada abad 16, meskipun menurut Martin Van Bruinnessen (1995) corak pendidikan pesantren baru muncul pada akhir abad 18.
Namun, harus diakui bahwa pesantren adalah warisan budaya yang hari ini masih bisa dijumpai pada era kekinian, dengan karakter dan derivasi yang variatif tentunya.
Definisi pesantren yang lazim digunakan dalam berbagai literatur biasanya mengacu pada lima karakter dasar. Yaitu: (1) pondok: tempat menginap para santri, (2) santri: peserta didik, (3) masjid: sarana ibadah dan pusat kegiatan pesantren, (4) kyai: tokoh atau sebutan seseorang yang memiliki kelebihan dari sisi agama, dan kharisma yang dimilikinya, (5) kitab kuning: referensi pokok dalam kajian keislaman.
Lima karakter ini yang tampaknya diadopsi dalam UU pesantren ini. Dua karakter terakhir, yakni kiayi dan kitab kuning menjadi poin yang dipermasalahkan oleh beberapa kalangan.
Misalnya Kiayi disyaratkan harus berpendidikan pesantren, hal ini dianggap membatasi, mengingat ada -- bahkan -- banyak pesantren yang kiainya -- atau apapun panggilannya - bukan merupakan alumni pesantren.
Karakter kitab kuning, juga tak lepas dari bahan kontroversi. Pendidikan Pesantren didefinisikan sebagai pendidikan yang diselenggarakan oleh dan berada di lingkungan pesantren dan mengembangkan kurikulum sesui dengan kekhasan pesantren dengan berbasis kitab kuning atau dirasah islamiyah dengan pola pendidikan mualimin.
Term kitab kuning menjadi poin kunci kurikulum pendidikan pesantren, meskipun aada klausul " atau" dirasah islamiyah, di mana beberapa pesantren (modern) tidak menggunakan kitab kuning sebagai referesi kurikulumnya.
Akomodasi "Kiai" dan "kitab kuning" dalam UU pesantren kiranya menjadi platform pesantren yang perlu diapresiasi. Maraknya pendidikan pesantren dengan berbagai corak dan ideologinya kiranya harus dipertegas dan diberi batasan. Dan dua term ini menjadi ciri unik yang akan membedakan antara pesantren dengan lembaga sejenis lainnya.
Karakter pesantren ini nantinya akan menjadi warisan sejarah yang "dipatenkan" dalam konstitusi legal di Indonesia. Hal ini menjadi kemenangan sistem pendidikan kita, di mana selama ini pesantren dianggap sebagai lembaga pendidikan non-formal yang seolah di luar sistem pendidikan nasional.