Nahdlatul Ulama (NU) adalah sebuah organisasi Islam terbesar di Indonesia yang awalnya dibentuk oleh para kiai dengan musyawarah. NU lahir pada tanggal 16 Rajab 1344 H atau 31 Januari 1926 oleh K.H. Hasyim Asy’ari. Badan Otonom desa merupakan organisasi yang bersifat kemasyarakatan dengan berakidah Ahlu Sunnah wal Jamaah yang berada di naungan Nahdlatul Ulama untuk mengatur dan mengelola organisasi di tingkat desa dengan memiliki pedoman yaitu Anggaran Dasar dan Anggaran Rumah Tangga.
Dalam negara Indonesia sejak dulu sangatlah membutuhkan adanya peran Banom NU untuk mengatasi persoalan di masyarakat. Banom NU di desa Bonangrejo bermacam-macam, ada Pengurus Ranting Nahdlatul Ulama (PR NU), Muslimat NU, Gerakan Pemuda Ansor NU (GP Ansor), Fatayat NU, Ikatan Pelajar Nahdlatul Ulama (IPNU), Ikatan Pelajar Putri Nahdlatul Ulama (IPPNU). Banom-banom tersebut merupakan satu kesatuan layaknya seperti rumah yang didalamnya ada kamar-kamar. Sebagai ilustrasi, PR NU berperan sebagai Ayah (Pemimpin keluarga), Muslimat NU berperan sebagai Ibu (seorang istri dari ayah), dan memiliki anak dari yang sudah dewasa yaitu GP Ansor, Fatayat NU. Sedangkan anak yang paling kecil adalah yang masih muda dan masih pelajar yaitu IPNU (anak laki-laki) dan IPPNU (anak perempuan).
• Pengurus Ranting NU (PR NU)
Pengurus Ranting NU (PR NU) desa Bonangrejo dengan Ketua Tanfidziyah yaitu H. M. Asnawi (Kepala Desa Bonangrejo) dan Ketua Rois Syuriahnya yaitu Kiyai Baedloni Chadliq. Tanfidziyah adalah pelaksana kebijakan yang telah dibuat oleh Dewan Syuriah, sedangkan Rois Syuriah bertugas membuat atau merumuskan kebijakan. Usia PR NU sekitar 43 tahun-45 tahun. Untuk pelantikan kepengurusan PR NU pada tahun ini jatuh pada tanggal 06 Juni 2021 yang bertempat di dukuh Panjunan desa Bonangrejo dengan pelantikan akbar bersama banom-banom NU yang lainnya. Tujuan adanya PR NU desa Bonangrejo yaitu dapat melaksanakan dakwah Islamiyah dari kegiatan-kegiatan seperti contoh lailatul Ijtima’, meningkatkan persaudaraan, menyelenggarakan pendidikan islam dan meningkatkan pembangunan sumber daya manusia.
• Muslimat NU
Muslimat NU desa Bonangrejo dengan ketuanya yaitu Ibu Hj. Karimatun. “Usia untuk berkhidmat di Muslimat NU dimulai ketika umur 45 tahun keatas.” Ucapan dari ibu Masluroh selaku ketua Fatayat NU. Muslimat NU beranggotakan wanita Muslim yang diikuti oleh para ibu di desa Bonangrejo. Muslimat NU memiliki peran untuk meningkatkan peran perempuan di Indonesia pada umumnya dan pada khususnya di desa Bonangrejo itu sendiri, dengan mengembangkan beberapa pengetahuan, keterampilan dan potensi masyarakat desa Bonangrejo.
• Gerakan Pemuda Ansor (GP Ansor)
Gerakan Pemuda Ansor merupakan sebuah organisasi kemasyarakatan pemuda yang berlandaskan Ahlu Sunnah wal Jamaah serta mengelola Barisan Ansor Serbaguna atau yang disebut “Banser”. GP Ansor NU desa Bonangrejo diketuai oleh Sahabat Khoirul Umam. Pelantikan GP Ansor NU desa Bonangrejo gabung menjadi satu dengan PR NU desa Bonangrejo pada tanggal 06 Juni 2021. Gerakan Pemuda Ansor desa Bonangrejo memiliki peran penting bagi masyarakat pada kegiatan baik dibidang sosial, keagamaan maupun bidang pendidikan. Salah satu buktinya yaitu kegiatan seperti kegiatan peringatan kegamaan, Rijalul Ansor dan masih banyak yang lainnya.
• Fatayat NU
Fatayat NU adalah sebuah organisasi wanita Islam untuk menggerakkan perempuan supaya mendapat didikan yang dahulunya tidak mengikuti apa-apa kemudian di Fatayat NU sendiri memanfaatkan waktunya dengan hal yang positif seperti Al-Barzanji, Yasinan, tahlilan dan perayaan hari-hari besar Islam. Fatayat NU desa Bonangrejo diketuai oleh Ibu Masluroh. Dengan mengikuti Fatayat NU bisa menjadi perempuan yang bertakwa kepada Allah SWT serta menjadi ajang silaturrahmi di desa Bonangrejo itu sendiri.
• IPNU dan IPPNU