Masalah yang terjadi dalam Pembangunan IKN yang berpengaruh terhadapa lingkungan sekitarnya yakni pertama keterbatasan suplai air baku atau air bersdih, kedua wilayah IKN dan sekitarnya merupakan habitat spesies kunci, ketiga masih ditemukan 109 lubang bekas tambang, keempat Kalimantan timur memiliki ecological footprint yang tinggi.
Pembangunan IKN memliki dampak positif dan juga memliki dampak negatif bagi lingkungan IKN. Dampak positifnya IKN dapat menjadi pusat pertumbuhan ekonomi yang signifikan dengan menarik investasi, menciptakan lapangan kerja, dan meningkatkan produktivitas industri di wilayah tersebut. Juga bisa meningkatkan infrastruktur dan fasilitas juga dapat meningkatkan layanan publik seperti pendidikan kesehatan dan lain lain. Disamping memeliki dampak positif pembangunan IKN juga memiliki dampak negarif diantaranya yaitu kerusakan lingkungan, Pembangunan industri seringkali berdampak pada lingkungan, termasuk polusi udara dan air, deforestasi, dan kerusakan ekosistem lokal. Pembangunan IKN juga dapat menyebabkan masalah sosial seperti ketimpangan pendapatan, perubahan sosial yang cepat, dan konflik antar kelompok.
Untuk mengatasi dampak Pembangunan IKN dan memastikan Pembangunan berkelanjutan bisa dengan meningkatkan pegelolaan lingkungan yang baik seperti menerapkan praktik praktik industri yang ramah lingkungan untuk mengurangi polusi udara dan air dan melakukan pemantauan terus menerus terhadap dampak lingkungan dan mengambil Tindakan korektif sesuai kebutuhan. Kemudian juga melibatkan Masyarakat setempat dalam proses perencanaan dan pengambilan keputusan IKN untuk memastikan kepentingan mereka diakomodasi dan memeberikan peluang kerja bagi Masyarakat setempat agar mereka mendapatkan manfaat dari Pembangunan. Dalam merencanakan Pembangunan dibutuhkan agar merencanakan wilayah secara bijaksana untuk menghindari pertumbuhan tidak terkendali dan pemadatan penduduk yang dapat mengakibatkan masalah sosial dan lingkungan.
Dengan menggabungkan berbagai solusi ini dan berkomitmen untuk menjalankan Pembangunan berkelanjutan, IKN dapat menjadi model positif bagi pengembangan industri yang tidak hanya menguntungkan secara ekonomi tetapi juga menjaga kelestarian lingkungan dan kesejahteraan Masyarakat setempat