Tuhan menghendaki agar jemaat-Nya kudus (Efesus 5:27), sebab Dia kudus (I Petrus 1:16). Kekudusan gereja/jemaat adalah faktor utama yang Tuhan dambakan dari tubuh-Nya. Kudus artinya terpisah dari dosa/kecemaran. Bagaimana jemaat Kristus mempraktekkan serta menjaga kekudusannya? Kekudusan jemaat dapat dilakukan dengan menerapkan "Separasi (Pemisahan)" dan "Disiplin jemaat".
Separasi (Pemisahan) Jemaat.
Jemaat Kristus harus terpisah dari semua hal yang mengkhamiri dan mencemari kekudusannya. Karena jemaat adalah kumpulan orang-orang percaya yang sudah dilahirkan kembali maka jemaat harus menjaga kekudusan secara bersama-sama. Anggota jemaat haruslah seorang yang sudah dilahirkan kembali, jika seseorang belum dilahirkan kembali dia tidak boleh masuk menjadi tubuh Kristus. Tentu saja dia tetap boleh mengikuti kebaktian setiap minggu tetapi dia tidak bisa menjadi jemaat (selama dia belum dilahirkan kembali).
A. Secara Jemaat.
1). Terhadap keyakinan atau ajaran agama lain.
Jemaat lokal harus memisahkan diri dari persekutuan dengan ajaran agama apapun (II Kor. 6:15-16). Agama lain adalah saudara dalam hal berbangsa dan ada juga dalam keluarga tetapi tidak saudara secara rohani. Jemaat Kristus tidak boleh mencemari kekudusannya dengan berdoa bersama-sama umat agama lain. Kita menjunjung tinggi kebebasan beragama tetapi menentang pencemaran iman.
2). Terhadap jemaat lokal lain yang berbeda ajaran.
Tubuh Kristus bersatu dalam kebenaran bukan dalam kesesatan (Yoh.17:22). Jemaat lokal tidak bersekutu dengan jemaat yang berbeda ajaran. Jemaat lokal bisa saja bersekutu atau berbakti bersama-sama dengan gereja lokal lainnya tapi yang ajarannya sama-sama benar. Terhadap gereja yang ajarannya menyimpang jemaat lokal harus memisahkan diri dari mereka. Jangan mengkhamiri kebenaran atas dasar kebersamaan atau kasih. Kasih yang benar harus dalam kebenaran bukan dalam kesesatan. Bersekutu dengan gereja yang ajarannya tidak Alkitabiah sama dengan mengkamiri iman.
3). Terhadap pemerintah.