Pada kesempatan ini, penulis akan membahas jenis sel yang lebih mampu bertahan dari sejak bumi terbentuk hingga sekarang ini. Sebelum kita membahas lebih dalam, kita ingat lagi pembagian kingdom dari awal sampai sampai saat ini. Karena segala pengetahuan yang kita peroleh saat ini merupakan hasil dari penemuan sebelumnya.
Pada zaman dahulu, semua spesies hanya dikelompokkan menjadi dua kingdom yaitu tumbuhan dan hewan. Bahkan walau ditemukan berbagai mikroba, para ahli masih menggolongkan bakteri ke dalam kingdom tumbuhan, karena bakteri memiliki dinding sel yang kaku. Selain itu, organisme eukariotik sesular juga digolongkan ke dalam tumbuhan. Fungi juga diklasifikasikan sebagai tumbuhan. Penyebabnya adalah karena fungi tidak dapat berpindah tempat seperti tumbuhan. Anggapan tersebut mengabaikan fakta bahwa fungi tidak dapat berfotosintesis dan tidak memiliki kemiripan struktur dengan umbuhan.
Dalam sistem dua kingdom, organisme unisel yang bergerak dan mencerna makanan seperti Protozoa diklasifikasikan sebagai hewan. Sedangkan Euglena, mikroorganisme yang dapat bergerak dan berfotosintesis, diakui oleh ahli botani dan zoology masuk dalam klasifikasi hewan dan tumbuhan.
Ketika para ahli mengakui lima kingdom, yaitu Kingdom Animalia, Kingdom Plantae, Kingdom Fungi, Kingdom Monera, dan Kingdom Protista. Taksonomi lebih dua kingdom tersebut tidak diterima oleh khalayak umum hingga akhir tahun 1960 -- an. Sistem lima kingdom tersebut membuat para ahli ingin menggali lebih dalam mengenai dua tipe sel yang berbeda secar mendasar, yaitu prokariotik dan eukariotik. Sehingga prokariotik dipisah dari eukariotik, dengan menempatkan prokariotik ke dalam Kingdom Monera dan eukariotik ke dalam Kingdom Protista.
Menurut data genetik yang diamati, muncul masalah mendasar dari sistem lima kingdom, yaitu beberapa sel prokariotik berbeda satu sama lain, juga berbeda dengan sel eukariotik. Hal tersebut membuat para ahli menerima sistem tiga domain. Ketiga domain tersebut adalah Domain Archaea, Domain Bacteria, dan Domain Eukarya.
Pertama, Domain Archaea. Domain ini terdiri dari banyak organisasi prokariotik yang tinggal di berbagai lingkungan. Beberapa Archaea memakai hidrogen sebagai sumber energi. Selain itu, Archaea dapat memproduksi gas alam yang berada di seluruh kerak bum. Kedua, Domain Bacteria. Yang termasuk dalam domain tersebut adalah prokariotik saat ini dan bakteri yang berkerabat dengan kloroplas dan mitokondria. Ketiga, Domain Eukarya. Domain Eukarya terdiri dari semua organisme yang memilliki inti sel sejati. Domain ini mencakup organisme bersel tunggal dan tumbuhan multi selular. Sistem tiga domain tersebut mengungkapkan bahwa sebagian besar sejarah kehidupan telah bertutur pada sel tunggal.
Genom adalah keseluruhan informasi genetik yang dimiliki oleh suatu mikroorganisme terlebih pada asam nukleatnya. Perbandingan genom yang lengkap dari ketiga domain menandakan adanya pergerakan gen organisme dari domain yang berbeda. Pemindahan ini terjadi memalui transfer gen horizontal. Transfer horizontal dapat terjadi melalui pertukaran unsur-unsur transportabel dan plasmid. Para ahli biologi mengungkapkan suatu hipotesis bahwa eukariotik pertama kali muncul melalui penyatuan antara bakteri nenek moyang dengan archaea nenek moyang. Karena pohon filogenetik didasarkan pada gagasan gen- gen diteruskan secara vertical dari satu generasi ke generasi yang lain, dan terjadi transfer horizontal. Sehingga terbentuk pohon universal dengan gen yang berbeda. Pohon filogenetik adalah pohon yang menggambarkan hubungan evolusi tiap spesies berdasarkan persamaan atau perbedaan karakteristik fisik atau genetiknya.
Sel prokariotik adalah organisme yang paling berlimpah di bumi. Hal ini disebabkan karena sel prokariotik memiliki kemapuan beradaptasi dengan baik pada habitat yang jauh dari normal, seperti daratan dan peraian biasa. Keberadaan sel prokariotik yang besar jumlahnya ini dapat dibuktikan dengan biomassa kolektif prokariotik setidaknya sepuluh kali lebih banyak dari pada biomassa eukariotik. Selain iu, jumlah prokariotik segenggam tanah lebih besar dari pada jumlah manusia yang pernah hidup.
Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan oleh para ahli biologi, diduga bahwa oragisme pertama penghuni bumi adalah prokariotik. Sejak dahulu hingga sekarang prokariotik selalu berevolusi dengan berbagai lingkungan, sehingga memunculkan prokariotik yang beragam.
Secara struktural, sel dibedakan menjadi dua, yaitu sel prokariotik dan eukarioik. Kata prokariotik berasal dari Bahasa Yunani, yaitu proyang berate sebelim dan karyonyang berarti inti. Jadi prokariotik adalah sel yang tidak memiliki membran sel dan belum memiliki nukleus. Prokariotik adalah organisme yang tidak memiliki membran inti dan hidup secara uniselular, kecuali Myxobacteriayang pada siklus tertentu menjadi multiselular. Namun, ada pula spesies prokariotik yang berkumpul sementara ataupun permanen dalam koloni. Pada umumnya sel prokariotik memiliki diameter sekitar 0,5 -- 5 m. Ada pengecualian untuk prokariotik yang bernama Thiomargarita namibiensisyang miliki diameter sekitar 750 m sehingga dapat dilihat dengan mata telanjang. Bentuk sel prokariotik beraneka ragam, tiga di antaranya adalah spiral, bulat (kokus), dan batang (basilus). Walaupun prokariotik berukuran kecil, sel tersebut dapat terorgansasasi dengan baik dalam satu sel tunggal.
Sel prokariotik memilki dinding sel. Pada lingkungan hipotonik, dinding sel tersebut berfungsi untuk melindungi, mempertahankan bentuk fisik dan mencegah sel pecah. Lingkungan hipotonik adalah lingkungan dengan tekanan osmosis yang rendah sehingga larutan mudah bergerak ke dalam sel. Sedangkan pada lingkungan hipertonik, sel prokariotik kehilanhan air sehingga dinding selnya mengerut. Berkurangnya air yang terlalu banyak pada sel dapat mencegah terjadinya reproduksi. Oleh sebab itu garam digunakan untuk mengawetkan makanan agar sel prokariotik kehilangan air sehingga sel tersebut tidak berkembang pada makanan. Sebagian besar sel bakteri mengandung peptidoglikan. Peptidoglikan adalah suatu bahan yang terkandung dalam dinding sel bakteri berupa jaringan gula termodifikasi yang terikat silang oleh polipeptida pendek. Peptidoglikan menyelubungi seluruh bakteri dan molekul -- molekul lain yang menjulur dari permukaan. Sedangkan dinding sel archaea tidak mengandung peptidoglikan melinkan berbagai jenis polisakarida dan protein.