Muara sebagai bagian dari ekosistem estuari adalah ekosistem yang produktif karena tingginya konsentrasi nutrien yang terbawa oleh aliran sungai. Kondisi perairan yang cukup dangkal memungkinkan penetrasi sinar matahari hingga ke dasar perairan, sehingga fitoplankton, algae yang melekat dan tumbuhan air dapat menggunakan sinar matahari dan nutrien yang tersedia untuk bertumbuh secara cepat. Aktivitas fotositesis yang berlangsung di muara sangat penting bagi kelangsungan hidup berbagai organisme.
Muara juga memiliki fungsi ekologis yang penting sebagai tempat pemijahan bagi beberapa jenis ikan dan crustacean. Ikan dewasa menjadikan muara sebagai tempat untuk bereproduksi dan kemudian kembali ke laut. Ikan muda menghasbiskan masa-masa awal hidupnya di ekosistem estuari dan meninggalkan area tersebut setelah menjadi lebih besar dan mampu bertahan di samudera. Muara juga adalah tempat terperangkapnya sedimen. Mekanisme ini sangat penting untuk mencegah masuknya berbagai polutan ke perairan laut (Enger and Smith, 2010).
Seringkali keberadaan ekosistem muara luput dari perhatian, mungkin karena secara hidrologis muara terjepit di antara ekosistem perairan sungai dan laut. Di Indonesia, sebagaimana kondisi ekosistem yang lain, kondisi ekosistem muara juga mengalami tekanan yang sangat berat akibat aktivitas manusia, khususnya muara-muara yang wilayah di sekitarnya telah berkembang menjadi kota. Salah satu contoh ekosistem muara di Indonesia yang dalam kondisi kritis adalah Muara Cisadane.
Muara Cisadane adalah ekosistem estuari yang merupakan tempat pencampuran air tawar yang berasal dari sungai Cisadane dan air laut dari Teluk Jakarta. Cisadane adalah sungai utama di wilayah DAS Cisadane dengan luas wilayah 1100 km2. Secara administratif Cisadane berada di wiayah Provinsi Banten dan Jawa Barat. Kondisi perairan Muara Cisadane sangat dipengaruhi oleh pasang surut air laut. Secara hidrogeologis, muara Cisadane terdiri atas alivium pantai dan alluvium sungai dengan luas 85% dari total keseluruhan muara.
Pada rentang waktu antara tahun 1994-1999 rata-rata daratan di wilayah Muara Cisadane bertambah maju ke arah laut sejauh 25,22 m/tahun sebagai akibat proses sedimentasi. Muara Cisadane berada di dalam wilayah cekungan air tanah dengan karakteristik air tanah payau berada di atas air tanah tawar (brackish water above fresh ground water).
Muara Cisadane yang terletak di wilayah hilir Sungai Cisadane adalah wilayah dengan pertumbuhan populasi dan pertumbuhan kegiatan pembangunan ekonomi yang sangat pesat. Penelitian Arifasihati dan Kaswanto tahun 2016 menunjukkan telah terjadi perubahan tata guna lahan yang sangat massif di wilayah hilir Cisadane. Data tahun 2012 menunjukkan bahwa tutupan lahan (land cover) wilayah hilir DAS Cisadane telah didominasi oleh lahan terbangun (built up area). Penggunaan lahan yang paling luas di wilayah hilir Cisadane adalah permukiman (Kabupaten Tangerang dalam Angka, 2012).
Tingginya beban pencemaran limbah cair domestik dan sampah yang tidak dikelola dengan baik yang berasal dari kegiatan permukiman di sepanjang Sungai Cisadane telah menyebabkan kualitas air di Muara Cisadane sangat buruk. Berdasarkan hasil penelitian tentang tingkat pencemaran air di Muara Cisadane dengan menggunakan metode Storet, menunjukkan bahwa Muara Cisadane dalam kondisi tercemar berat.
Nilai oksigen terlarut yang diukur di Muara Cisadane kurang dari 3 mg/l dan tidak memenuhi Baku Mutu Kualitas Air berdasarkan PP No. 82 Tahun 2001 tentang Pengelolaan Kualitas Air dan Pengendalian Pencemaran Air, menunjukkan bahwa kapasitas asimilasi perairan tersebut telah terlampaui. Hal ini juga merupakan indikasi bahwa ekosistem Muara Cisadane sudah tidak sehat.
Mempertimbangkan bahwa Muara Cisadane yang merupakan bagian dari ekosistem estuari di Teluk Jakarta memiliki fungsi ekologis sekaligus fungsi ekonomi yang sangat penting, maka untuk dapat melestarikan keberlanjutan ekosistem tersebut, perlu segera dilakukan upaya pengelolaan. Penelitian di berbagai negara tentang pengelolaan ekosistem estuari telah melahirkan suatu pendekatan yang disebut dengan Manajemen Berbasis Ekosistem (Ecosystem-based management).
EBM adalah sebuah pendekatan pengelolaan ekosistem yang berdasarkan pemahaman tentang ekosistem secara keseluruhan, dengan memeprtimbangkan interkonektivitas di dalam ekosistem dan upaya untuk memelihara keberlangsungan setiap komponen di dalam ekosistem dan proses-proses di dalam ekosistem tersebut (Wasson et al., 2015). Pengalaman keberhasilan penerapan pendekatan EBM untuk pengelolaan ekosistem estuari di California Tengah, Amerika Serikat dapat menjadi acuan untuk restorasi dan pengelolaan muara Cisadane.
Tantangan terbesar dalam berbagai program restorasi dan konservasi yang telah dicoba untuk diimplementasikan di Estuari Elkhorn Slough adalah pengambilan keputusan yang berada di bawah kewenangan beberapa insititusi. Stakeholder yang terlibat pun sangat beragam mulai dari institusi pemerintah, swasta, para pemilik lahan dan kelompok masyarakat yang peduli. Kondisi ini tidak jauh berbeda dengan kondisi di Indonesia umumnya dan di DAS Cisadane khususnya. Maka koordinasi dan kerjasama antar pemangku kepentingan adalah kunci penting bagi program-program restorasi dan konservasi estuari yang akan dijalankan, yang meliputi:
- Menekankan pada pemeliharaan satu atau lebih ekosistem;
- Mencakup tujuan non-spesifik untuk tingkat kesehatan ekosistem atau integritas ekosistem.
- Memahami bahwa manusia adalah elemen dari ekosistem dan pendidikan dan kesejahteraan manusia sangat penting untuk pengambilan keputusan.
- Memahami bahwa saling keterkaitan antara berbagai komponen ekosistem seperti jarring-jaring makanan, struktur hubungan pemangsa dan mangsa, asosiasi habitat dan interaksi faktor biotik dan abiotik lainnya harus dipertimbangkan dalam pengambilan keputusan.
- Mengakomodasi skala temporal dan karakter dinamis dari ekosistem.
- Memahami bahwa proses-proses di dalam ekosistem berlangsung dalam rentang spasial yang sangat lebar.
- Memagami nilai penggunaan manusia dan nilai sumberdaya alam seperti kualitas air, pemanenan produk, turisme dan rekreasi public.
- Mengintegrasikan faktor-faktor ekonomi ke dalam pandangan tentang ekosistem.
- Menggunakan keputusan pengelolaan yang berdasarkan hipotesis yang teruji.
- Memahami bahwa perencanaan pengelolaan harus didefinisikan secara spasial.
- Melakukan peningkatan upaya pengelolaan melalui evaluasi yang sistematis.
- Mendistribusikan tanggung jawab pengelolaan antar berbagai tingkat pemerintahan dan pemangku kepentingan (stakeholder).
- Melaksanakan upaya pengelolaan yang konservatif apabila terjadi gangguan yang tidak pasti pada ekosistem.
- Upaya pengelolaan harus berdasarkan kajian ilmiah dari berbagai bidang ilmu (interdisiplin) seperti bidang ilmu ekologi, ekonomi dan sosiologi.