Kebhinekaan global adalah toleransi terhadap perbedaan, tindakan menghormati keberagaman, mampu untuk saling toleransi dan saling menghargai terhadap perbedaan yang ada dilingkungannya.
Kebhinekaan global telah dilakukan di SMA Negeri 4 Jayapura sejak sekolah ini didirikan, walaupun peserta didik dan guru-gurunya beragam suku, agama, ras, dan budaya, tetapi rasa saling menghargai dan empati terwujud dalam sikap dan perilaku semua yang ada di sekolah. Guna mencapai peningkatan kualitas pendidikan Kemendikbud meluncurkan program profil pelajar pancasila.
Sekolah sebagai unit satuan pendidikan dibawah naungan Kemendikbud menjadi ujung tombak dalam mengsukseskan program profil pelajar pancacila.
Program ini bertujuan membentuk pelajar berkarakter nilai-nilai Pancasila. Di tahun 2022 sekolah mulai menerapkan kurikulum merdeka. Penerapan Kebhinekaan global di SMA Negeri 4 Jayapura, melalui pembelajaran P5, ekstrakurikuler dan diimplemetasi melalui kegiatan -kegiatan disekolah seperti pembagian raport hut sekolah, dan lain-lain.
