Ada perubahan dalam penentuan juara Liga 1 di musim 2023/24. Jika sebelumnya juara ditentukan lewat klasemen akhir liga, di musim ini juara ditentukan lewat babak playoff yang diberi nama babak "Championship Series".
Format kompetisi tetap sama, yakni kompetisi penuh (double round robin) atau setiap tim akan saling berhadapan satu sama lain sebanyak dua kali / dua putaran dengan sistem kandang-tandang.
Bedanya, setelah kompetisi penuh tersebut selesai, 4 tim teratas di klasemen akhir akan berlaga di babak playoff Championship Series untuk memperebutkan gelar juara Liga 1.
Dengan adanya babak playoff Championship Series, kompetisi penuh tersebut kemudian disebut dengan babak reguler atau Reguler Series.
Di musim ini, Borneo FC menjadi pemuncak klasemen akhir babak reguler Liga 1 dengan koleksi 70 poin, unggul 8 poin dari tim peringkat 2 Persib Bandung.
Meski begitu, Borneo FC belum bisa menyandang status sebagai juara Liga 1 2023/24 karena juara sesungguhnya Liga 1 2023/24 akan ditentukan lewat babak Championship Series.
Namun, Borneo FC tetap mendapatkan apresiasi berupa medali dan trofi juara reguler series.
Sebagai juara reguler series, Borneo FC berhak bermain di Championship Series sebagai unggulan pertama (1). Selain Borneo FC, tim yang lolos ke Championship Series adalah tim peringkat 2 Persib, peringkat 3 Bali United, dan peringkat 4 Madura United.
Format playoff Championship Series sendiri adalah dua leg kandang-tandang, baik untuk babak semifinal, perebutan tempat ketiga maupun grand final. Tim yang peringkatnya lebih rendah akan menjadi tuan rumah di leg pertama.
Borneo FC sebagai juara reguler series akan menghadapi tim peringkat 4 Madura United di semifinal, sedangkan Persib yang merupakan runner up reguler series akan menghadapi tim peringkat 3 Bali United.