Keragaman genetik dan hubungan kekerabatan antar individu sangat penting bagi para pemulia tanaman. Hal ini karena program pemuliaan bergantung pada keragaman genetik yang tinggi yang dapat digunakan dalam membuat rekombinasi untuk merakit suatu varietas baru.
Analisis keragaman genetik dengan menggunakan marka molekuler sangat membantu dalam mengelompokkan plasma nutfah. Selain itu penggunaan marka molekuler dimanfaatkan untuk mengetahui lokus-lokus yang mengatur karakter kuantitatif pada tanaman.
Saat ini penanda molekuler yang paling umum digunakan untuk mendeteksi keragaman genetik adalah mikrosatelit SSR (Simple Sequence Repeat), karena sifatnya yang reproducible, kodominan, dan dapat mendeteksi variasi alel yang tinggi. Penggunaan marka mikrosatelit relatif mudah karena menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) sehingga dapat menjangkau seluruh kromosom. Oleh karena itu, peluang untuk mendapatkan marka yang terpaut dengan suatu karakter yang penting semakin besar.
Manfaat penggunaan SSR adalah; mempercepat identifikasi penanda DNA atau gen tertentu yang berkaitan dengan suatu karakter spesifik yang bernilai ekonomi, minimalisasi penggunaan lahan, lebih sedikit dalam penggunaan biaya, dan dapat mencegah duplikasi materi koleksi.
Konservasi dan pemanfaatan sumber genetika tanaman sangat penting dalam rangka perbaikan produksi serta pemeliharaan tanaman kelapa secara berkesinambungan. Oleh karena itu, evaluasi terhadap karakter genetika dalam suatu spesies tanaman merupakan syarat utama untuk usaha pemuliaan berkelanjutan di masa mendatang.
Karakterisasi dan evaluasi standar suatu aksesi secara rutin dapat dilakukan dengan berbagai metode termasuk cara-cara tradisional seperti karakter morfologi, dan evaluasi terhadap karakter agronomis pada kondisi lingkungan bervariasi hingga karakterisasi yang melibatkan profil isozim, protein dan sekuen DNA spesifik melalui pendekatan genom berbeda (de Vicente dkk., 2005).
Keragaman genetik dalam suatu populasi tanaman sangat penting, agar seleksi dengan maksud untuk mendapatkan karakter-karakter unggul dapat dilakukan. Makin tinggi keragaman genetik maka peluang untuk mendapatkan genotipe unggul semakin besar (Greech dkk., 1971), dan menunjukkan besarnya pengaruh genetik terhadap sifat yang diekspresikan (Knight, 1979). Jika keragaman genetik suatu tanaman sangat sempit sehingga seleksi sulit dilakukan maka, salah satu cara untuk meningkatkan keragaman genetik adalah melalui mutasi.
Mutasi adalah terjadinya perubahan materi genetik pada tingkat genom, kromosom, DNA atau gen sehingga mengakibatkan terjadinya keragaman genetik (Soeranto, 2003). Dalam bidang pemuliaan tanaman, teknik mutasi dapat meningkatkan keragaman genetik sehingga memungkinkan pemulia melakukan seleksi genotipe tanaman sesuai dengan tujuan pemuliaan yang dikehendaki.
Cocos nucifera menginduksi fragmentasi DNA di sel HeLa diselesaikan dengan elektroforesis gel (Sumber: Nasimun, 2014)
Penelitian yang dilakukan oleh Pandin (2015) mengenai pemuliaan tanaman kelapa (Cocos nucifera) dapat diaplikasikan menggunakan SSR atau mikrosatelit lainnya. Hal ini disebabkan karena pemanfaatan DNA lebih menghemat waktu dan tenaga kerja (tidak dipengaruhi lingkungan). Karakter yang dianalisis adalah kecepatan berbuah dan produksi buah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa SSR dapat digunakan sebagai penanda DNA sesuai dengan tujuan penelitian.