Sesungguhnya konflik Daerah -dengan Pusat telah ikut mewarnai sejarah Republik yang kita cintai ini.Pada dasarnya konflik itu berkisar pada ketidak puasan Daerah terhadap berbagai kebijakan Pusat terutama yang berhubungan dengan pembagian hasil sumber daya alam,perimbangan keuangan Pusat dan Daerah,penempatan pejabat di daerah dan kewenangan kewenangan lokal daerah yang tidak diberikan sebagaimana layaknya.
Tetapi sejarah menunjukkan bahwa substansi konflik tersebut juga dipengaruhi oleh berbagai fakror lain terutama gesekan politik pada level nasional yang kemudian hal tersebut memberi imbas kepada pergolakan di daerah.
Kita ambil sebuah contoh misalnya tentang PRRI/Permesta.Gerakan ini mengambil tema Pemerintah Pusat harus bersikap adil dan proporsional terhadap pembangunan daerah dan pembangunan tidak hanya berpusat di Jawa saja.Embrio dari PRRI /Permesta diawali dengan pembentukan Dewan Dewan di daerah seperti misalnya:Dewan Banteng di Sumatera Tengah dengan tokohnya Letkol Ahmad Husein,Dewan Banteng di Sumatera Utara dengan tokohnya Kolonel Maludin Simbolon dan Dewan Manguni di Sulawesi dengan tokohnya Kolonel Vence Sumual.
Akibat gesekan politik tingkat tinggi pada level nasional terutama gesekan antara Bung Karno dengan tokoh tokoh Partai Masyumi dan Partai Sosialis Indonesia serta adanya konflik internal di tubuh Angkatan Darat yang terpola kepada Kolonel AH Nasution yang setia kepada Bung Karno dan kelompok lainnya mengakibatkan ikut terjunnya tokoh tokoh tersebut kedalam kancah pergolakan daerah dan kemudiaan bergabung dalam PRRI Permesta.Sehingga didalam tubuh PRRI Permesta duduk dalam "kabinetnya"perpaduan tokoh Dewan Daerah ,Politisi Pusat dan Perwira TNI yang tidak senang kepada Bung Karno/AH Nasution.Tokoh tokoh tersebut antara lain.
Muhammad Natsir,Syafrudin Prawiranegara,Burhanudiin Harahap masing masing dari Masyumi dan Sumitro Djojohadikusumo dari Partai Sosialis Indonesia dan dari TNI,Kolonel Zulkifli Lubis,Kolonel Dahlan Jambek ,Kolonel A E Kawilarang dan beberapa tokoh lainnya.Hamparan konflik PRRI/Permesta dengan Pemerintah Pusat cukup luas karena mencakup Sumatera Utara khususnya Tapanuli,Seluruh Sumatera Tengah kemudian Sulawesi Utara.Konflik bersenjata ini berlangsung sekitar 3 tahun lebih ,1958-1961.
Berbeda dengan gerakan tersebut diatas yang cakupan wilayah konfliknya lebih dari sepertiga wilayah Republik,muncul Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang medan perjuangannya hanya pada Provinsi Aceh saja.Gerakan Aceh Merdeka Diproklamirkan oleh Tokoh Legendaris Aceh,Hasan Tiro pada tanggal 4 Desember 1976.Dasar diproklamirkannya GAM oleh karena adanya kemarahan atas penyelenggaraan pemerintahan di Aceh yang didominasi orang Jawa,dan eksploitasi atas kekayaan alam Aceh yang tidak memberikan hasil yang adil bagi masyarakat Aceh.
Beda GAM dengan pergolakan daerah sebelumnya ialah GAM dengan jelas mengusung "Semangat Ke-Aceh-annya " sehingga perjuangannya lebih jelas ditangkap maknanya oleh masyarakat Aceh.Oleh karena lebih jelas ditangkap maknanya oleh masyarakat maka Gerakan ini menjadi mendapat dukungan yang kuat dari masyarakat.Para pemimpin dan pengikut GAM terlihat mempunyai militansi yang tinggi sehingga konflik di Aceh ini meliputi masa yang panjang yaitu sekitar 29 tahun,dihitung dari 4 Desember 1976 sampai dengan 15 Agustus 2005.
Kita flash back pada awal kemerdekaan ,rakyat Aceh telah menunjukkan kesetiaan,pengorbanan dan dukungannya kepada Republik Indonesia antara lain rakyat Aceh bahu membahu menyumbangkan harta yang dimilikinya sehingga Republik mampu membeli pesawat terbang penumpang pertama yang kemudian kita kenal dengan nama Seulawah.
Point ini penting bahwa rakyat Aceh sejak awal memberikan dukungan penuh kepada Republik Indonesia tetapi oleh karena berbagai ketidak adilan sebagaimana yang disebutkan diatas maka lahirlah perasaan kecewa dan tidak puas sehingga muncullah GAM.Sebelum lahirnya GAM ,pada awal masa kemerdekaan rakyat Aceh juga telah memprotes ketidak adilan Pemerintah Pusat yaitu munculnya Gerakan Darul Islam(DI/TII) dengan tokoh sentralnya ulama Aceh yang sangat karismatis Tengku Daud Beureueh.Konflik ini mengemuka karena Pemerintah Pusat melebur Provinsi Aceh kedalam Provinsi Aceh sehingga menimbulkan kekecewaan pada masyarakat Aceh.
Semasa terjadinya Konflik dengan GAM tentu kita masih ingat berbagai hal yang muncul yang mengakibatkan jatuhnya korban,penderitaan masyarakat,gangguan keamanan dan berbagai ekses lainnya.Dan lebih dai itu muncul kekhawatiran yang sangat fundamental:Apakah keutuhan NKRI masih dapat terus dipertahankan.Kekhawatiran ini semakin kuat karena GAM memuat kata "Merdeka".Setahu saya hanya dua gerakan di Republik ini yang memuat kata "Merdeka"yaitu Gerakan Aceh Merdeka dan Organisasi Papua Merdeka.
Dua puluh sembilan tahun konflik dengan GAM yang mempunyai pasukan militer yang terlatih dan juga yang mendapat simpati yang kuat dari masyarakat Aceh serta kemampuan pimpinan GAM yang berpusat di Stockholm Swedia mengangkat issu"Aceh Merdeka" di dunia internasional membuat kecemasan semakin bertambah.Desember 2004 terjadi bencana besar Tsunami terutama di Aceh yang menelan korban yang paling besar maka semakin besar kepanikan tentang masa depan Aceh sebagai teritori yang utuh Republik Indonesia.