Dalam rangka mewujudkan keterpaduan dan keserasian antara perencanaan dan penganggaran, dalam Undang-undang Nomor 25 Tahun 2004 tentang Sistem Perencanaan Pembangunan Nasional (SPPN) terdapat perubahan yang cukup penting. Perubahan tersebut ditandai dengan adanya konsep Planning Budgeting system yang diterapkan dalam sistem perencanaan nasional. Konsep ini menyangkut dengan penyusunan anggaran yang dewasa ini didasarkan pada rencana tahunan.
Dalam rangka keterpaduan antara penyusunan perencanaan dan penganggaran. Undang-undang Nomor 17 Tahun 2003 yang dijabarkan lebih lanjut dalam Peraturan Pemerintah Nomor 28 tahun 2005 menetapkan beberapa prosedur dan langkah yang harus ditempuh dalam proses penyusunan anggaran, baik pada tingkat nasional maupun daerah.
Langkah-langkah tersebut menyangkut penyusunan dokumen seperti Kebijakan Umum Anggaran (KUA), Prioritas dan Plafon Anggaran Sementara (PPAS), dan Rencana Kerja Anggaran (RKA). Selain itu setiap instansi/lembaga juga diwajibkan menyusun Anggaran Kinerja (Peformance Budget) agar alokasi dana nantinya menjadi lebih terarah sesuai dengan capaian kinerja yang diharapkan sebagaimana yang tertera dalam rencana tahunan.
Skema keterkaitan penyusunan rencana tahunan dan Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) yaitu, rencana pembangunan yang sebelumnya telah dijabarkan dari RPJPD dan RPJMD dijadikan acuan dalam pembuatan rancangan awal RKPD yang memuat prioritas pembangunan dan pagu dana indikatif. Rancangan awal RKPD tersebut selanjutnya dijadikan acuan dalam penyusunan rancangan rencana kerja perangkat daerah yang memuat kebijakan, program dengan pagu indikatif, kegiatan dan anggaran, jenis belanja, lokasi pelaksanaan, indikator keluaran dan unit pelaksana.
Setelah rancangan awal RKPD dan rancangan rencana kerja perangkat daerah ini dibuat maka rancangan rencana tersebut akan kembali dibahas dalam forum OPD yang nantinya akan menghasilkan Rancangan RKPD yang berisikan rencana kerangka ekonomi, prioritas pembangunan, program dan pagu indikatif, kegiatan pokok serta unit pelaksanaan.
Selain itu forum SKPD ini juga menetapkan finalisasi rencana kerja masing-masing perangkat daerah yang nantinya dipadukan dengan rancangan RKPD sehingga menjadi rancangan akhir RKPD yang dapat dijadikan dasar dalam pembuatan Kebijakan Umum Anggaran (KUA) dan Plafon Prioritas Anggaran Sementara (PPAS) untuk dibawa dan dibahas bersama dengan DPRD setempat. Setelah DPRD menyetujui dokumen KUA dan PPAS tersebut maka dokumen perencanaan itu dapat dijadikan acuan dalam menyusun Rencana Kerja Anggaran (RKA) masing-masing perangkat daerah.
RKA ini sangat konkret karena berisikan program dan anggaran, kegiatan dan anggaran, sub kegiatan dan anggaran, jenis belanja, mata anggaran keluaran (MAK), lokasi dan indikator keluaran, perhitungan belanja berupa volume dan harga satuan, anggaran pendapatan dan unit pelaksana. RKA dari masing-masing perangkat daerah itu kemudian dijadikan sebagai dasar dalam penyusunan RAPBD yang akan dibahas dan ditetapkan bersama dengan DPRD setempat menjadi APBD hingga nantinya dirincikan kembali menjadi Daftar Isian Pelaksanaan Anggaran (DIPA).
Waktu dan periode penyusunan dan pembahasan masing-masing dokumen pun telah ditetapkan setiap tahunnya. Untuk pembuatan Rancangan RKPD dan finalisasi rencana kerja perangkat daerah biasanya dilakukan mulai dari bulan Februari dan selesai pada bulan April. Untuk penyusunan dan penetapan rancangan akhir RKPD selesai dilakukan pada bulan Mei sehingga penyusunan dan penetapan KUA dan PPAS dapat dilakukan pada bulan Juni.
Dengan begitu maka penyusunan dan penetapan RKA perangkat daerah dapat diselesaikan pada bulan Agustus dan penyusunan RAPBD untuk tahun anggaran selanjutnya dapat selesai pada bulan Oktober. Maka penetapan APBD dan DIPA untuk tahun anggaran baru pun dapat selesai paling lambat November pada tahun berjalan.
Dalam tahapan-tahapan tersebut, penyusunan KUA menjadi penting sejak Indonesia menerapkan konsep otonomi daerah dalam penyusunan perencanaan dan penganggaran. KUA pada dasarnya merupakan suatu dokumen yang bertujuan untuk mengidentifikasi program dan kegiatan yang dapat dibiayai dengan anggaran daerah.