Manuskrip nusantara bukan hanya memuat keilmuan sejarah kerajaan di Indonesia saja. Beragam keilmuan ada dalam manuskrip, seperti keilmuan medis sampai keilmuan agama. Kenapa hal itu bisa terjadi? karena pada masa lalu belum ada alat untuk mencetak suatu naskah, hal itu membuat para ilmuwan mengabadikannya dalam bentuk tulisan tangan. Tulisan tangan yang berumur lebih dari lima puluh tahun itulah yang sekarang kita sebut sebagai manuskrip.
Perlu kita ketahui bahwa manuskrip bernuansa keislaman sampai saat ini berjumlah 5000 manuskrip, hal ini diketahui dari hasil pencatatan mutakhir yang dilakukan oleh Henri Chamberd-Loir dan Oman Fathurrahman. Uniknya 5000 manuskrip tersebut menggunakan aksara Jawi, yaitu huruf Arab namun berbahasa melayu.
Manuskrip yang berjudul Doa-Doa Nabi Yusuf AS Ketika di Penjara adalah satu contoh naskah kuno bernuansa keislaman. Kisah nabi Yusuf AS sangatlah populer dalam umat islam. Kisah ketika beliau kecil saat bersama saudaranya, kisah ketampanan beliau, hingga kisah beliau yang diangkat oleh Raja menjadi bendahara Mesir. Semua kisah tersebut termuat di dalam Al Quran dan sebagian kisahnya juga termuat dalam Al kitab.
Bagaimana kisah nabi Yusuf AS bisa masuk ke dalam penjara?
Singkat cerita tatkala Nabi Yusuf Alaihissalam dilemparkan oleh saudara-saudaranya ke dalam sumur, beliau ditemukan oleh sekelompok orang musafir yang ingin mengambil air dari sumur tersebut. Kemudian Nabi Yusuf dijual sebagai budak dengan harga 20 dirham, namun ada pendapat lain menyebutkan dalam kitab tafsir Ath-thabari bahwa Nabi Yusuf dibeli seharga 22 dirham ada juga yang berkata 40 dirham. Nabi Yusuf Alaihissalam akhirnya dibeli oleh seorang penguasa Mesir pada saat itu, dan sang penguasa tersebut memerintahkan istrinya untuk berlaku baik dan merawat Nabi Yusuf.
Istri sang penguasa tersebut bernama Ra'il binti Ra'ail atau Zulaikha, sebenarnya Zulaikha bukanlah nama aslinya melainkan hanya julukan saja. Zulaikha merawat Nabi Yusuf hingga pada waktunya Nabi Yusuf beranjak remaja.
Ketika Nabi beranjak dewasa Zulaikha menggoda Nabi Yusuf agar tunduk kepadanya, hal ini Zulaikha lakukan karena melihat ketampanan Nabi Yusuf. Zulaikha terus menggoda Nabi Yusuf, namun Nabi Yusuf terus berdoa meminta perlindungan kepada Allah Ta'ala. Pada akhirnya Nabi Yusuf berlari hendak melarikan diri namun baju bagian belakang beliau sempat tertarik oleh Zulaikha dan meninggalkan bekas koyakan di bajunya.
Setelah berhasil membuka pintu keluar, tanpa disangka suami Zulaikha yaitu Qithfir bin Rawhib berada tepat di depan pintu. Hal itu membuat Qithfir marah dan terjadi perdebatan panjang lantaran Zulaikha tidak mengakui perbuatannya. Zulaikha balik memfitnah Nabi Yusuf dengan perkataan dan cerita dusta karangannya.
Namun mukjizat Allah datang ketika ada seorang anak kecil yang memberikan persaksian, anak kecil itu berkata: "jika baju gamisnya koyak di depan, maka wanita itu benar dan Yusuf termasuk orang-orang yang dusta. Dan jika baju gamisnya koyak di belakang, maka wanita itulah yang dusta, dan Yusuf termasuk orang-orang yang benar". Allah Ta'ala berfirman dalam Al Qur'an surat Yusuf ayat 26:
"Dia (Yusuf) berkata, "Dia yang menggodaku dan merayu diriku." Seorang saksi dari keluarga perempuan itu memberikan kesaksian, "Jika baju gamisnya koyak di bagian depan, maka perempuan itu benar, dan dia (Yusuf) termasuk orang yang dusta".
Akhirnya terbukti bahwa kebenaran berada pada Nabi Yusuf dan Qithfir memerintahkan istrinya untuk bertaubat. Kejadian ini sebenarnya diusahakan agar tidak menyebar beritanya kepada masyarakat Mesir, namun sayangnya hal ini gagal. Untuk meredakan berita ini maka sang Raja Qithfir memasukan Nabi Yusuf ke dalam penjara, seakan-akan Nabi Yusuf yang bersalah.