Mohammad Rasjidi dengan melatar belakang pendidikan Barat dan Islam, yang mana menegaskan akan pentingnya mengetahui dan mendalami epstemologi Islam dalam pendidikan tinggi. Walau bagaimanapun, tanpa mengetahui prinsip-prinsip asas epstemologi Islam, seorang muslim mungkin tidak dapat melihat perpaduan pemikiran dalam tradisi intelektual Islam. Kriteria benar atau salah terhadap suatu perkara dan penilaian terhadap etika haruslah berdasarkan ilmu syariat (Al-qur'an dan al-Sunnah), sehingga seseorang betul-betul menjiwai agama islam. Imam al-Ghazali menegaskan bahwa seorang muslimtidak akan mengenal kebenaran ataupun kebatilan akan sesuatu melainkan melalui dalil syariat.
Kebudayaan Barat modern dan pemikirannya mempunyai ciri khas utama, yaitu menyempitkan doktrin agama Kristen dana tau bahkan menghilangkannya. Hal ini tidak lain adalah dampak dari perkembangan ilmu pengetahuan yang berdasrkan filsafat sekuler. Mengapa Barat memilih jalan modern sekuler? Ini tidak lepas dari sejarah mereka, di mana pada masa itu masyarakat Eropa mengalami pergolakan pemikiran yang berorientasi pada akal. Semangat dan pandangan hidup Barat itu dapat disebut modernism yang disulut oleh semangat keilmuan ( scientific ). Pandangan hidup yang scientific ini sangat bercorak paham sekularisasi, rasionalisme, empirisme, cara berpikir dikotomik, deskralisasi, pragmatism, dan penafian kebenaran metafisis. Jika pemikiran sains sekuler digunakan untuk mendalami tradisi intelektual Islam, maka ilmu dan nilai-nilai Islam bisa didefinisikan ulang ( redefine ) berdasarkan kerangka berpikir dualistic dan humanisme.
Mohammad Rasjidi, menegaskan lagi walaupun ada sebagian daripada akademis Barat yang secara jujur menaruh hormat kepada tradisi intelektual Islam, tapi masih ada juga dari mereka yang menaruh sikap benci, curiga, dan kurang tepat, sehingga dapat menimbulkan kekeliruan orang Islam. Ada kesan yang ingin ditinggalkan oleh sebagian dari mereka bahwa di dalam konsep pemikiran dan sumber keilmuan Islam terdapat kekeliruan dan gejolak yang tidak berkesudahan. Arus pemikiran sekuler yang telah menyelinap masuk ke dalam perguruan tinggi Islam Indonesia adalah bagian dari proses modernisasi pemikiran. Proses tersebut membentuk sebuah pahammodernisasi Islam, yaitu pemanfaatan khazanah Islam untuk diselaraskan dengan akal dan fakta yang selalu berubah.