Pemerintah melalui Peraturan Presiden No 47/2009 tentang Pembentukan dan Organisasi Kementerian Negara, mengubah semua bentuk Departemen, Kantor Menteri Negara dan Kantor Menteri Koordinator menjadi Kementerian Negara.
Menteri Sekretaris Negara Sudi Silalahi di Istana Negara Jakarta Jumat mengatakan pembentukan dan organisasi Kementerian Negara itu sebenarnya berlaku sejak UU No 39/2008, yang dipertegas dengan Perpres yang dikeluarkan pada 3 November 2009 itu.
"Kita aplikasikan sesuai UU, jadi nanti semua departemen itu menyesuaikan menjadi kementerian. Kita lakukan itu secara alami. Maksudnya perubahan-perubahan yang terjadi karena peraturan ini seperti urusan administrasi, naskah yang lama sudah menggunakan kepala surat itu dihabiskan dulu agar tidak terjadi pemborosan. Kalau tidak kan itu harus dimusnahkan dan harus bikin baru. Yang sudah dibikin terdahulu kita habiskan," katanya.
Namun, sejumlah perubahan terkait perubahan organisasi ini, lanjut Sudi harus langsung disesuaikan seperti penetapan unsur-unsur fungsi dan kedudukan di setiap kementerian.
Menurut Sudi, pembentukan organisasi Kementerian Negara ini dilakukan untuk meningkatkan efisiensi dan produktifitas kerja di masing-masing kementerian. "Kita gabungkan, ada yang dilikuidasi sesuai dengan kementerian itu sendiri. Jadi memang akan ada banyak juga penghematan. Yang tadinya tumpang tindih akan jadi satu. Misalnya ada satu fungsi yg sudah ada di kementerian ini dan sana, kita koordinasikan untuk di sana kita hapuskan," katanya.
Sudi mengatakan, meski tidak menetapkan target waktu, Pemerintah mengharapkan perubahan ini bisa dilakukan secepatnya setelah semua tata naskah yang telah ada habis dan bisa mencetak yang baru.
Dengan Perpres 47/2009 itu, Pemerintah mengubah sebutan Departemen, Kantor Menteri Negara dan Kantor Menteri Koordinator menjadi Kementerian, yang terdiri dari tiga kantor Kementerian Koordinator, yaitu Kementerian Koordinator Bidang Polhukam, Kementerian Perekonomian, dan Kementerian Kesra.
Sementara untuk kementerian yang menangani urusan pemerintahan sesuai UUD 1945 ada 20 yaitu, Kementerian Dalam Negeri, Kementerian Luar Negeri, Kementerian Pertahanan, Kementerian Hukum dan HAM, Kementerian Keuangan, Kementerian Energi dan Sumber Daya Mineral, Kementerian Perindustrian, dan Kementerian Perdagangan.
Kemudian Kementerian Pertanian, Kementerian Kehutanan, Kementerian Perhubungan, Kementerian Kelautan dan Perikanan, Kementerian Tenaga Kerja dan Transmigrasi, Kementerian PU, Kementerian Kesehatan, Kementerian Diknas, Kementerian Sosial, Kementerian Agama, Kementerian Kebudayaan dan Pariwisata, dan Kementerian Komunikasi dan Informatika.
Sedangkan kementerian yang menangani urusan pemerintahan dalam rangka penajaman, koordinasi, dan sinkronisasi program pemerintahan atau yang biasanya disebut Kantor Menteri Negara adalah Kementerian Sekretariat Negara, Kementerian Riset dan Teknologi, Kementerian Koperasi dan UKM, Kementerian Lingkungan Hidup, serta Kementerian Pemberdayaan Perempuan dan Perlindungan Anak.
Kementerian Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi, Kementerian Pembangunan Daerah Tertinggal, Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional, Kementerian BUMN, Kementerian Perumahan Rakyat dan Kementerian Pemuda dan Olah Raga.