Setiap pagi, sebelum berangkat kerja Elisa Esposito (Sally Hawkins), seorang petugas kebersihan di Occam Aeospace Research Center di Baltimore Maryland memasak beberapa telur rebus untuk bekal makan siangnya. Sebelum timer tanda telur selesai direbus, Elisa sudah selesai mandi. Kemudian dia bergegas berangkat kerja menumpang sebuah bus umum.
Di kantornya sahabatnya Zelda Fuller (Octavia Spencer) sudah menunggu dan membantunya memasukan kartu kehadiran ke mesin, sekalipun para pekerja menggerutu. Pasalnya Elisa menderita bisu karena cedera yang dideritanya ketika masih masih bayi.
Zelda penterjemah Elisa yang berkomunikasi dengan bahasa isyarat. Ia ditemukan di sungai ketika masih bayi dan menjadi yatim piatu, yang membuatnya diberi nama Esposito.
Selain Zelda sahabat Elisa lainnya, Gilles (Richar Jekins), seniman paruh baya yang menjadi tetangganya di apartemen, yang berada di atas sebuah bioskop. Zelda menyukai Sherly Tempel dan tertarik pada film Samson and Delilah.
Rutinitas ini menjadi adegan pembuka The Shape of Water karya sutradara Guiilermo del Toro, setelah narasi mengisahkan cerita film ini. Cara bertuturnya lebih mirip film Eropa daripada film Hollywood umumnya bisa membuat jenuh bagi mereka yang tidak terbiasa.
Latar belakang film ini pada awal 1960-an, dalam suasana Perang Dingin. Kehidupan Elisa yang mulanya biasa saja berubah ketika fasilitas riset ini mendapat kiriman yang berisi "makhluk asing" di sebuah tangki. Mahluk ini itangkap oleh Kolonel Richard Strickland (diperankan oleh Michael Shannon)..
Richard digambarkan dingin, kasar dan kejam, selalu menggunakan tongkat listrik. Ia menangkap mahluk itu dari sungai Amazon di Amerika Selatan. Makhluk itu dinamakan sebagai "Aset" (Doug Jones).
Suatu ketika Sally melihat Richard keluar ruangan rahasia terluka parah. Dia kemudian diminta membersihkan ruangan rahasia, ternyata tempat penyimpanan mahluk Amazon itu. Sally ingin tahu dan ingin berkomunikasi dengan mahluk itu.
Setelah beberapa kali pertemuan dia bisa berkomunikasi dengan bahasa isyarat setelah memberikan telur dan mendengarkan musik. Elisa secara sembunyi-sembunyi bertemu mahluk itu dan memutuskan untuk membebaskannya.
Keputusannya diambil setelah Elisa mengetahui atasan Richard, Jenderal Hoyt (Nick Searcy), tertarik pada susunan organ tubuh Aset dan ingin membedahnya. Pada waktu itu Uni Soviet sudah berhasil membawa manusia di luar angkasa. Hoyt merasa pembedahan mahluk itu bisa membantu memajukan teknologi luar angkasa.
Salah seorang ilmuwan di laboratorium itu Robert Hoffstelter (Michael Stuhlbarg) tidak setuju. Dia ingin mempelajari lebih lanjut mahluk itu. Apalagi ia tahu Elisa berkomunikasi dengan Aset. Robert sebetulnya mata-mata Soviet bernama Dmitri yang disusupkan. Atasannya pun ingin mahluk ini dibunuh.