Sarbecovirus terkait erat dengan Virus Corona SARS-CoV-2 yang secara evolusi paling dekat dengan Sindrom Pernafasan Akut Parah Virus Corona-2 (Severe Acute Respiratory Syndrome Corona-2/SARS-CoV-2) telah diambil sampelnya di China, Kamboja, Jepang, dan Thailand. Pohon filogenetik, yang disimpulkan dari wilayah genom yang diminimalkan untuk rekombinasi, menunjukkan sarbecovirus terkait erat dengan SARS-CoV-2. Spesies inang untuk setiap virus, kelelawar tapal kuda (Rhinolophus), manusia (Homo sapiens), dan trenggiling (Manis javanica) dan tahun pengambilan sampel ditunjukkan pada kunci. Longquan 140 disimpulkan dari wilayah genomik lain (garis putus-putus).
Perdagangan hewan-hewan yang rentan terhadap virus corona kelelawar kemungkinan menjadi penyebab dari Pandemi COVID-19.
Walaupun pertama kali terdeteksi pada Desember 2019, COVID-19 diduga hadir di provinsi Hubei, China, sekitar sebulan sebelumnya.
Dari mana asalnya penyakit baru manusia ini?
Untuk memahami asal mula pandemi COVID-19, kita perlu kembali ke 2002. Saat itu virus corona pernapasan baru muncul di Foshan, provinsi Guangdong, China, dan menyebar ke 29 negara. Secara keseluruhan hampir 8.000 orang terinfeksi dengan Virus Corona Sindrom Pernafasan Akut Parah (Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus/SARS-CoV) sebelum tindakan kesehatan masyarakat yang mengendalikan penyebarannya pada 2003.
Asal usul hewani (zoonotik) dari SARS-CoV kemudian dikaitkan dengan hewan hidup yang tersedia di pasar. Peristiwa limpahan sporadis lebih lanjut dari SARS-CoV hewani terjadi di Guangzhou, Guangdong, dan beberapa peneliti yang bekerja dengan virus yang dikultur terinfeksi dalam kecelakaan laboratorium, tetapi pada akhirnya SARS-CoV terhapuskan dari populasi manusia. Perdagangan hewan inang yang rentan adalah tema umum yang penting dalam merebaknya SARS dan COVID-19.
Tiga tahun setelah epidemi SARS dimulai, penyelidikan mengungkapkan bahwa kelelawar tapal kuda (Rhinolophus) di China menyimpan virus corona terkait. Ini secara kolektif membentuk spesies virus corona terkait SARS (SARSr-CoV), yang terdiri dari subgenus Sarbecovirus dari genus Betacoronavirus.
Disimpulkan bahwa sarbecovirus yang beredar pada kelelawar tapal kuda menyemai nenek moyang SARS-CoV pada inang hewan perantara, kemungkinan besar inang untuk SARS-CoV telah teridentifikasi, khususnya anjing rakun dan musang (yang dijual bersama luwak di pasar hewan), ini adalah populasi luwak di pasar yang tampaknya telah bertindak sebagai saluran penularan ke manusia dari reservoir kelelawar tapal kuda SARS-CoV, bukan luwak yang menjadi spesies inang reservoir jangka panjang.
Agaknya luwak penangkaran awalnya terinfeksi melalui kontak langsung dengan kelelawar, misalnya, sebagai akibat kelelawar mencari makan di peternakan atau pasar, atau terinfeksi sebelum ditangkap.
Setelah terjadinya epidemi SARS, pengawasan lebih lanjut mengungkapkan ancaman langsung yang ditimbulkan oleh sarbecovirus dari kelelawar tapal kuda.
Terlepas dari peringatan yang jelas ini, anggota lain dari spesies SARSr-CoV, yaitu SARS-CoV-2, muncul pada 2019 dan menyebar dengan efisiensi yang belum pernah terjadi sebelumnya di antara manusia.
Ada spekulasi bahwa Institut Virologi Wuhan (Wuhan Institute of Virology/WIV) di Hubei adalah sumber pandemi karena belum ada inang perantara SARS-CoV-2 yang telah teridentifikasi hingga saat ini dan karena lokasi geografis WIV.