Ada dua pendapat mengenai wangsa atau dinasti yang berkuasa di Kerajaan Mataram Kuno. Pendapat yang pertama yang disampaikan oleh F.D.K. Bosch yang menyatakan bahwa ada dua wangsa yang memerintah di Mataram Kuno, yaitu Wangsa Sanjaya dan Wangsa Sailendra.
Pendapat yang kedua adalah pendapat dari Poerbatjaraka yang menyatakan bahwa hanya ada satu wangsa yang memerintah di Mataram Kuno, yaitu Wangsa Sailendra.
Pendapat yang pertama menyatakan bahwa ada dua wangsa atau dinasti yang secara bergantian memegang kekuasaan di Mataram Kuno yaitu Wangsa Sanjaya yang merupakan penganut Hindu Siwa dan Wangsa Sailendra yang beragama Budha.
Pada awalnya Kerajaan Mataram Kuno ini diperintah oleh Raja Sanjaya pendiri wangsa Sanjaya yang beragama Hindu Siwa. Dalam perkembangannya ketika Raja Panangkatan yang beragama Budha Mahayana naik tahta, kerajaan Mataram Kuno berada dalam kekuasaan Wangsa Sailendra.
Hal ini terus berlangsung sampai Rakai Pikatan yang beragama Hindu Siwa dan masih keturunan Sanjaya naik tahta setelah menikahi putri mahkota Sailendra yang bernama Pramodawardhani, kekuasaan kembali dipegang oleh Wangsa Sanjaya.
Baca juga : Mataram Kuno: Maharaja Pembunuh Musuh yang Sombong, Serangan Armada Laut Jawa dan Penaklukan Kamboja
Istilah wangsa Sanjaya ini merujuk pada Sanjaya sang pendiri Kerajaan Mataram Kuno. Dan juga berdasarkan pada daftar nama para raja yang berkuasa di Medang (Mataram Kuno) yang dimulai dari Ratu Sanjaya sampai Raja Balitung, seperti yang tertulis dalam prasasti Mantyasih, disebutkan bahwa Sanjaya adalah raja pertama yang bertakhta di Kerajaan Medang (Mataram Kuno) yang terletak di Poh Pitu.
Sebelum Sanjaya menjadi raja, sebagaimana yang tertulis dalam prasasti Canggal, dia adalah penguasa di daeran Mataram (Rakai Mataram). Sementara itu yang menjadi raja adalah yang disebutnya dengan nama Sanna, saudara lelaki ibunya. Akan tetapi dimana atau nama kerajaan yang diperintah oleh Sanna ini tak dijelaskan.
Meskipun tak ada penjelasan, hal ini sudah menunjukkan bahwa Sanna bukanlah raja yang memerintah di Medang atau Mataram Kuno.
Pendapat yang kedua mengatakan bahwa hanya ada satu wangsa yang berkuasa di Mataram Kuno, yaitu wangsa Sailendra (Sailendravamsa). Tidak ada yang namanya wangsa Sanjaya.
Baca juga : Kudeta Mpu Sindok dan Berpindahnya Pusat Pemerintahan Mataram Kuno ke Jawa Timur