Dari beberapa problem kelembagaan di Indonesia, praktik kebijakan Desentralisasi adalah salah satunya.
Desentralisasi merupakan kebijakan yang banyak dipilih negara-negara yang sedang berkembang. Pandangan bahwa desentralisasi merupakan salah satu instrumen untuk mencapai alokasi penyediaan barang-barang dan pelayanan publik yang lebih efisien, dapat menciptakan pemerintahan yang memiliki responsbility dan accountability, serta dapat mendorong percepatan proses demokratisasi di daerah, tapi kadangkala disamping kelebihan-kelebihannya itu praktik kebijakan desentralisasi masih menyisakan sekelumit masalah.
Dalam rangka memenuhi salah satu tuntutan Reformasi, Praktik kebijakan desentralisasi atau otonomi daerah telah memberi otoritas yang cukup besar kepada daerah (kabupaten/kota). Tapi, praktik kebijakan ini juga disisi lain telah melahirkan masalah berkaitan dengan relasi antara pusat dan daerah ketika harus bertitik sambung dengan provinsi. Yang diharapkan, provinsi bisa menjadi penghubung antara pemerintah pusat dan daerah. Tapi yang terjadi, malah banyak terjadi konflik antara Provinsi dan Kabupaten/kota. Provinsi merasa lebih tinggi kedudukannya dan merasa lebih berkuasa. Seringkali pemerintah provinsi di by pass oleh pemerintah kabupaten/kota.
Konflik yang sering terjadi antara Provinsi dengan Kabupaten/kota merupakan pertanda belum efektifnya kebijakan desentralisasi. Salah satu cara yang dapat dipakai untuk lebih mengefektifkan penerapan kebijakan desentralisasi adalah misalnya membangun konteks hubungan antara Pemerintah Provinsi dan Pemerintah Kabupaten/kota yang lebih dinamis lagi. Misalnya saja dapat ditempuh dengan pembagian otoritas yang tegas, mana yang bisa secara efektif dapat dilakukan Pemerintah Provinsi dan mana yang benar-benar secara efektif dapat dilakukan Pemerintah Kabupaten/kota. Dengan begitu, besar kemungkinan akan terciptanya hubungan yang baik antara pemerintah Provinsi dengan pemerintah kabupaten/kota.
