Terlaksananya pembangunan di seluruh wilayah negara dalam kerangka Negara Kesatuan Republik Indonesia, selalu dibarengi dengan upaya komprehensif pencegahan dan penanggulangan separatisme. Pelaksanaan berbagai kebijakan pembangunan seperti demokratisasi dan otonomi khusus di provinsi tertentu merupakan langkah-langkah penting dalam mewujudkan kesejahteraan masyarakat. penyelesaian kasus separatisme di Papua terus dilakukan secara intensif dan komprehensif melalui segala model pendekatan pembangunan, utamanya upaya peningkatan kondisi keamanan dan ketertiban masyarakat yang didukung dengan pembangunan pada seluruh aspek kehidupan.
Pendekatan tersebut telah menunjukkan keberhasilan yang antara lain ditunjukan oleh semakin menurunnya intensitas perlawanan gerakan bersenjata. Meskipun demikian, kondisi sosial masyarakat dan adanya dukungan beberapa kelompok masyarakat terhadap perjuangan Organisasi Papua Merdeka (OPM) perlu diwaspadai.
Skala separatisme yang telah membesar menyulitkan penanganan separatisme sehingga membutuhkan penanganan dalam waktu yang lama. Aksi-aksi separatisme yang membesar tersebut adalah salah satu bukti kelambatan antisipasi dan minimnya upaya pencegahan serta penanganan awal potensi separatisme. Meskipun demikian, pada beberapa daerah terdapat potensi dan aksi separatisme yang ingin memisahkan diri dari NKRI. Potensi dan aksi ini perlu ditangani secara baik agar terjaga keutuhan yang makin kokoh bagi Negara Kesatuan Republik Indonesia.