Wadah dari ilmu yang dimaksud adalah hati. Semakin hatinya bersih maka akan semakin mudah ilmu didapatkan. Seseorang yang ingin merasakan nikmatnya hidup dibawah naungan ilmu dan ilmu itu menjadi penghias bagi kehidupannya maka haruslah membersihkan diri dari kotoran-kotoran yang ada di dalam hati dan menjauhi segala macam keburukan dan kemaksiatan.. Berkata Syaikh Shalih bin Abdillah bin Hamdil 'Ushaimi,
"Ilmu adalah permata yang sangat lembut, tidak layak kecuali ditempatkan di hati yang suci dan bersih."(Khulashah Ta'zhim al-'ilmi: 14)
Kebersihan hati harus menjadi titik awal pemberangkatan seorang terkhusus penuntut ilmu agar ilmu mudah masuk dan hati siap untuk menerima ilmu. Perkara yang membuat hati menjadi kotor adalah kehendak terhadap syahwat yang jelek sehingga membuat hati mengeras karena mengikuti syahwat yang disalurkan kepada hal-hal yang bukan pada tempatnya (negatif). Do'a yang diajarkan Nabi agar kita terhindar dari hawa nafsu yang jelek adalah,
"Ya Allah, aku berlindung kepada-Mu dari akhlak, amal, dan hawa nafsu yang jelek." (HR. Tirmidzi, no. 3591)
Begitupula harus membersihkan dirinya dari perkara-perkara syubhat yang keadaan hukumnya masih samar apakah halal atau haram, sehingga baiknya bagi seseorang yang mendapati hal semacam ini untuk menghindarinya agar diri tidak berada dalam keraguan dan khawatir terjatuh dalam keharaman. Dari An Nu'man bin Basyir radhiyallahu 'anhuma, ia berkata bahwa ia mendengar Rasulullah shallallahu 'alaihi wa sallam bersabda,
"Sesungguhnya yang halal itu jelas, sebagaimana yang haram pun jelas. Di antara keduanya terdapat perkara syubhat (yang masih samar) yang tidak diketahui oleh kebanyakan orang. Barangsiapa yang menghindarkan diri dari perkara syubhat, maka ia telah menyelamatkan agama dan kehormatannya. Barangsiapa yang terjerumus dalam perkara syubhat, maka ia bisa terjatuh pada perkara haram. Sebagaimana ada pengembala yang menggembalakan ternaknya di sekitar tanah larangan yang hampir menjerumuskannya. Ketahuilah, setiap raja memiliki tanah larangan dan tanah larangan Allah di bumi ini adalah perkara-perkara yang diharamkan-Nya." (HR. Bukhari no. 2051 dan Muslim no. 1599)
Upaya untuk meraih hati yang bersih maka seorang penuntut ilmu harus menghindari dua hal tersebut yaitu menghindarkan dari syahwat yang jelek dan menghindarkan diri dari perkara-perkara syubhat (perkara samar, yang belum jelas apakah termasuk perkara yang halal ataukah haram). Bahkan Allah tidak melihat kepada bentuk rupa dan harta seseorang namun yang Allah lihat pada seseorang adalah hati dan amalan-amalannya. Sebagaimana disebutkan dalam riwayat imam Muslim. Dari Abu Hurairah radiallahu anhu ia berkata bahwa Rasulullah shallallahu 'alaihi wa sallam bersabda,