Setiap fungsi dalam struktur organisasi pada dasarnya mempunyai peran dalam menjalankan roda organisasi untuk mencapai tujuan organisasi. Sebuah organisasi yang baik untuk mencapai taraf kelas dunia maka harus mengatur setiap fungsi di organisasi tersebut accountable. Sistem tata kelola organisasi juga harus mampu memaksa setiap individu yang menjalankan patuh dengan nilai-nilai organisasi. Untuk itu sebuah organisasi wajib membuat aturan main (kebijakan, prosedur, instruksi kerja dan peraturan internal) untuk menjadi pedoman bagi seluruh individu dalam menjalankan aktifitas sesuai fungsi dan wewenangnya.
Dalam banyak kasus tatkala organisasi tidak mempunyai sistem yang baik maka dalam menjalankan roda organisasi akan dipenuhi ketidakjelasan fungsi pelaksanaan serta kehilangan fungsi pengawasan sehingga organisasi menjadi tidak efisien. Akibatnya orang-orang yang menjalankan fungsi-fungsi pelaksanaan kegiatan di segala tingkatan yang rawan untuk melakukan penyimpangan praktik-praktik kolusi, korupsi dan nepotisme (KKN). Praktik ini sangat merugikan organisasi, rentan dengan tuntutan dari pemangku kepentingan, baik tuntutan hukum dan sosial. Hal ini dapat mengakibatkan kinerja organisasi menjadi rendah dan menurunkan daya saing organisasi dalam berkompetisi.
Untuk itu, perlu dibuat sistem kelola organisasi yang transparan serta mempunyai tata nilai etika yang tinggi, agar fungsi-fungsi yang ada diisi oleh orang yang mempunyai kompetensi di bidangnya serta cukup beretika dalam menjalankan fungsinya. Kegiatan ini harus dimulai di setiap proses operasi mulai dari perencanaan, pelaksanaan, pengawasan dan pengendalian.
Organisasi harus mampu mengelola peran seluruh fungsi dalam struktur, bebas dari konflik kepentingan dalam melaksanakan tugasnya. Orang yang mempunyai wewenang sekaligus terdapat kepentingan pribadi ataupun kelompok dalam membuat kebijakan-kebijakan organisasi. Pada saat ini dapat terjadi peluang untuk melakukan penyimpangan-penyimpangan (abuse of power), akibat lebih jauh organisasi dirugikan karena proses kebijakannya tidak transparan dan accountable. Hal ini berakibat dapat terjadi benturan kepentingan yang mempengaruhi proses pengambilan keputusan dan dapat berpengaruh buruk kepada kinerja organisasi.
Konflik kepentingan dalam organisasi dipengaruhi oleh beberapa hal sebagai berikut:
Tujuan tidak dirumuskan dengan jelas.
Kekuasaan dan kewenangan yang diperoleh dari peraturan perundang-undangan atau jabatan yang diemban.
Perangkapan jabatan, yaitu seorang pejabat menduduki dua atau lebih jabatan sehingga tidak bisa menjalankan jabatannya secara profesional, independen dan akuntabel.
Hubungan afiliasi, yaitu hubungan yang dimiliki oleh seorang pejabat dengan pihak tertentu baik karena hubungan darah, hubungan perkawinan maupun hubungan pertemanan yang dapat mempengaruhi keputusannya.
Gratifikasi, yaitu pemberian dalam arti luas yang meliputi pemberian uang, barang, rabat, komisi, pinjaman tanpa bunga, tiket perjalanan, fasilitas penginapan, perjalanan wisata, pengobatan cuma-cuma, dan fasilitas lainnya.