Pulau Timor Timur merupakan bagian dari wilayah Indonesia. Lebih tepatnya berada dalam kekuasaan Kerajaan di kepuluan maluku. Dalam perkembangannya, Maluku berhasil dikuasai oleh pihak VOC, Sehingga Pulau Timor Timur dibagi menjadi 2 kekuasaan. Pulau Timor sebelah timur menjadi kekuasaan portugis. Sedangkan Pulau Timor bagian Barat dibawah kekuasaan Belanda (VOC) Yang disebut dengan Timor Barat.
Kolonialisme Portugis terjadi selama kurang lebih 4 abad. Saat pasukan jepang mulai berkuasa di Indonesia, Jepang mampu merebut Timor Timur dari Belanda. Hal tersebut didukung dengan rakyat Timor Timur yang menrima Jepang dengan tangan terbuka. Namun, dalam perkembangannya jepang hanya menimbulkan kesengsaraan terhadap rakyat timor timur
Pada tahun 1962 Portugis berhasil mengambil Timor Timur dan dijadikan sebagai salah satu provinsi di Portugis yang berada di Seberang lautan. Pembentukan Timor Timur sebagai provinsi Seberang lautan karena portugis terpengaruh dengan Resolusi PBB No.1514/1960. Dalam penguasaannya tersebut, Portugis mulai membentuk polisi rahasia serta partai politik. Partai Politik itu diberi nama Uni Nasional.
Silih berjalannya waktu di timor timur, Terjadilah revolusi bunga atau revolusi anyelir. Revolusi bunga atau revolusi Anyelir ialah peristiwa pergantian kekuasaan di portugis. Dalam revolusi tersebut kelompok militer yang berhaluan sosialis berhasil mengalahkan kelompok fasis yang pernah berkuasa. Pasukan militer yang terlibat dalam revolusi tersebut menaruh bunga anyelir pada selaras senjatanya. Dengan hal itu, Timor Timur mengalami dekolonialisme dan berhasil meraih kebebasan.
Muncul masalah baru di timor timur, yaitu ada dua kelompok. Yang pertama adalah Kelompok Partai frentlin yang menghendaki Timor Timur untuk menjadi negara merdeka. Dan yang kedua adalah kelompok Partai UDT menghendaki agar Timor Timur menjadi bagian dari Indonesia.
Fretilin (Front Revolusi Timor Independen) Dipimpin oleh Xanana Gusmo, Fretilin menginginkan kemerdekaan penuh dari Portugal dan Indonesia. Mereka mendapat dukungan dari mayoritas rakyat Timor Timur. UDT (Unio Democrtica Timorense) Dipimpin oleh Jos Ramos Horta, UDT lebih memilih integrasi dengan Indonesia. Mereka mendapat dukungan dari sebagian kecil rakyat Timor Timur, terutama dari kelompok minoritas seperti suku Makasae.
Presiden Soeharto menyatakan keinginannya untuk menarik timor timur sebagai bagian NKRI pada 8 Oktober 1974. Pernyataan tersebut disambut oleh pihak Portugis. Pihak Portugis memutuskan untuk melakukan petemuan. Dalam pertemuan tersebut Presiden Soeharto menegaskan bahwa Indonesia tidak berambisi terhadap Timor timur, Dan mendukung penuh kebijakan dekolonialisasi Portugis.
Pada November 1975, Fretilin mendeklarasikan kemerdekaan Timor Timur. Namun, sembilan hari kemudian, Indonesia melancarkan invasi militer dengan dalih "memulihkan ketertiban" dan mencegah komunisme. Presiden RI kala itu, Soeharto, merasa khawatir jika nantinya Timor Timur merdeka akan menjadi negara komunis. Namun, Soeharto juga tidak rela membiarkan wilayah Timor Timur terus di bawah penguasaan Portugal.
Soeharto kemudian menjalin komunikasi dengan Presiden Amerika Serikat kala itu, Gerald Rudolph Ford Jr. Tanggal 6 Desember 1975, Presiden Ford dan Menteri Luar Negeri AS, Henry Kissinger, diterima Presiden Soeharto di Jakarta. Kemudian Indonesia melancarkan operasi militer ke Timor Timur. Operasi militer yang dilakukan oleh Indonesia ini mendapat dukungan Australia dan AS. Dukungan tersebut berkaitan dengan upaya pencegahan komunisme di Asia. Pemerintah Indonesia juga mengkhawatirkan hal tersebut.
Kecemasan akan masuknya komunisme ke Timor Timur,menjadi faktor dilakukannya operasi militer. Operasi militer itu dilakukan secara bertahap. Operasi tersebut terdiri atas operasi komodo, operasi flamboyan, serta operasi seroja. Kepala pemerintah sementara Timor Timur mengajukan petisi terhadap pemerintah Indonesia. Petisi tersebut berisi pengajuan integrasi Timor Timur ke Indonesia tanpa referendum. Pemerintah pun menyambut baik pengajuan tersebut. Dan secara resmi indonesia menerima Timor Timur sebagai provinsi di indonesia pada 17 Juli 1976.
Integrasi Timor Timur ke Indonesia dilatar belakangi alasan, yaitu integrasi terjadi melalui proses konflik dan kontestasi antar kelompok yang berbeda dalam suatu masyarakat. Integrasi yang tercapai seringkali bersifat tidak stabil dan dapat kembali runtuh karena munculnya konflik baru. Itu merupakan teori Dai Karl Marx yang mungkin sangat berhubungan dengan Timor timur. Karena setelah timor timur bergabung ke Indonesia sering terjadi pergolakan oleh partai fretilin yang timor timur Merdeka dari Indonesia tahun 1999.