Borussia Dortmund pada bulan Mei 2008 menawarkan Klopp untuk menjadi pelatih, yang akhirnya disetujuinya untuk membesut klub kota Dortmund ini. Klopp masuk sebagai pelatih pada situasi sulit karena klub ini berakhir di posisi ke-13 pada musim terakhir di tangan pelatih Thomas Doll.
Bergabung dengan "Die Borussen" sejak tahun 2008, Klopp membawa Dortmund yang kala itu masih memulihkan diri dari ancaman kebangkrutan bangkit di Bundesliga dan meraih dua gelar juara dua musim berturut-turut, ditambah dengan gelar DFB Pokal musim lalu.
Puncaknya adalah ketika Dormund lolos ke final Liga Champions 2012-2013 melawan musuh bebuyutan Bayern Munich. Tim asuhan Klopp disemifinal mengkandaskan Real Nadrid dengan keunggulan gol agregat 4-3 (menang 4-1 di Dortmund dan kalah 0-2 di Madrid).
Dibandingkan dengan peserta lain, seperti Bayern Muenchen, Real Madrid atau Barcelona, skuad yang dimiliki Klopp di Dortmund tidaklah mentereng. Real Madrid ada Ronaldo, Barcelona ada Messi, Bayern ada Ruben (UEFA.com 25/5/13).
Walaupun akhirnya Borussia Dortmund saat itu harus mengakui keunggulan 1-2 dari Bayern Munich namun inilah pucak prestasi Klopp bersama skuad yang terdiri dari pemain seadanya. Bayern meraih trofi ini berkat kecemerlangan penyerang Arjen Roben sebagai penentu kemenangan dalam final yang berlangsung di Wembley, London, Sabtu (25/5/2013).
Kebersamaan Jurgen Klopp dengan Mario Gotze harus berakhir karena tahun berikutnya pemain muda yang saat itu baru berusia 20 tahun ini akan menyeberang ke Bayern setelah juara Bundesliga tersebut membayar buy-out clause sebesar 37 juta euro yang tercantum dalam kontrak Goetze yang berdurasi hingga 2016.
Nah itulah cerita romantika Jurgen Klopp bersama Mario Gotze, pemain muda yang saat itu sedang dipuncak prestasinya terutama ketika dia menjadi penentu kemenangan Jerman atas Argentina untuk meraih Piaa Dunia tahun 2014 di Brazil.
Menurut Transfermarkt.com (8/4/20), usai selesai kontrak dengan Bayern yang berakhir tahun 2016, Gotze kembali ke klub asalnya yaitu Borussia Dortmund. Pemain dengan 63 caps bersama Timnas Jerman ini sudah menghasilkan 17 gol sejak debutnya pada 17 November 2010.
Saat ini Klopp masih berada di Liverpool dan Mario Gotze masih berada di Bundesliga. Beberapa hari yang lalu ternyata Gotze telah memberikan konfirmasi bahwa dirinya akan meninggalkan Borussia Dortmund pada akhir musim ini dengan status bebas transfer di tengah spekulasi yang menghubungkan dirinya dengan Liverpool.
Gotze telah menyerahkan karir berikutnya ke agen top, Reza Fazeli dari International Soccer Management (ISM), untuk menemukannya klub baru di musim panas ini.