Pesantren adalah lembaga pendidikan tradisional pertama yang lahir bersamaan dengan islam di tanah jawa. Sebagai lembaga pendidikan tertua. Pesantren tradisional mengajarkan ajaran klasik, kesederhanaan dan kemandirian. Dalam sejarah perjalanannya, pesantren berhasil melalukan upaya yang bersangkutan dengan budaya local.
Dulu, masih awal berdirinya pesantren pendidikan tradisional ini, dapat menampilkan dan mengajarkan islam yang dapat bersetuhan langsung dengan nilai-nilai, keyakinan, dan ritual pra islam. Keyakinan-keyakinan dan ritual-ritual ini dipertahankan dan di praktekan dengan diberi muatan dan corak islam yang datang ke nusantara. Dulu, lembaga pendidikan pesantren tradisioanl terkenal dengan kitabnya.
Ciri-ciri pesantren tradisional adalah, kiyai yakni pengasuh serta pemilik pesantren, santri yakni yang mengaji didalam pesantren tersebut, pondok atau bisa disebut pondok untuk tempat santri berdomisili atau tinggal disana selama mengaji atau menimba ilmu, kitab-kitab klasik seperti kitab gundul ( tanpa baris apapun ) dan sering menggunakan system sorogan yang menjadi sendi utama yang diterapkan. Juga ada yang menggunakan system wetonan dimana kyai membaca satu kitab dalam waktu tertentu , dan santri membawa kitab yang sama lalu mendengarkan dan menyimak apa yang dibaca oleh kyai.
Metode muhawarah yaitu suatu kegiatan bercakap-cakap dengan bahasa arab yang diwajibkan oleh pimpinan selama santri berada di pondok. Santri juga melakukan metode mudzakarah yaitu melakukan pertemuan ilmiah dimana didalamnya membahas tentang masalah diniah seperti ibadah, akidah dan masalah agama pada umumnya. Kadang pesantren juga mengadakan pertemuan majelis ta'lim ini terbuka untuk umum.
Lama kelamaan, pendidikan pesantren mengalami perubahan yang sangat cepat. Mengapa dikatakan demikian, karna yang dahulu pesantren melakukannya secara tradisioanl atau non klasik, sekarang sudah diterapkan pembelajaran modern atau klasik. Jika pesantren tradisional dahulu hanya ada system bahasa arab, tetapi sekarang pesantren sudah mulai menggunakan atau menerapkan bahasa inggris da sudah siwajibkan pula dalam system pesantren.
Yang dahulu hanya sekolaha diniah atau disebut hanya belajar kitab. Sekarang dalam pesantren sudah ada sekolah formal atau umum, yang didalamnya mengajarkan bukan hanya ilmu agama, tetapi juga mengajarkan ilmu-ilmu umum seperti bahasa inggris, matematika dan lain sebagainya.
Perubahan modernisasi jua mengubah kepemimpinan atau tata cara di pondok. Pesantren tradisional kepemimpinan biasa dipegang oleh sang pemilik yakni kyai, tetapi sekarang karena adanya modernisasi atau perubahan, maka kepemimpinan pesantren sekarang dipegang atau dikuasai oleh ketua atau pengurus atasan. Juga tentang perekonomian.
Dahulu, santri hanya diajarkan bertani atau mengabdi atau merawat dan menjaga milik sang kyai, tetapi sekarang santri diajarkan berketerampilan khusus untuk menggali potensi yang ia miliki sehingga apa yang santri lakukan akan mendapatkan hasil bagi mereka atas ketermapilan tersebut. Contoh : kerajinan, toko, perbengkelan, koperasi, berdagang, sawah lading untuk bercocok tanam segala macam sayuran atau buah-buahan dan lain-lain.
Sudah banyak perubahan-perubahan yang terjadi dalam pesantren tradisioal. Apalagi sekarang dunia sudah canggih. Didalam pesantren yang ada sekolah umumnya, semua sudah terpenuhi fasilitasnya. Yaitu : adanya computer. Dulu didalam pesantren tak ada santri yang bisa menggunakan computer bahkan dilarang oleh pihak pesantren untuk mengguakan elektronik apapun.
Tetapi sekarang, hampir setiap pesantren memiliki alat elektronik seperti computer tersebut agar santri yang sekolah umum bisa dengan mudah megakses apa yang diperlukan disekolah. Dan ada bangunan-bangunan fisik sebagai penunjang untuk sekolah seperti : perpustakaan, dapur umum, rumah makan umum, kantor administrasi, toko/unit usaha, koperasi rumah penginapan tamu, ruang operasi dan sebagainya.
Juga dalam segi penampilan. Sangat jauh beda antara santri pesantren tradisional dulu dengan sekarang. Dulu, santri memakai pakaian atau sering disebut baju dengan sederhana. Tidak ada iri hati dengan berpenampilan. Sedangkan sekarang, para santri berlomba-lomba dalam memakai pakaian. Itulah perubahan-perubahan yang masuk pada pesantren tradisional.