Pendidikan pada hakekatnya merupakan proses pendewasaan manusia menjadi manusia seutuhnya. Manusia seutuhnya meliputi keseluruhan dimensi kehidupan manusia: fisik, psikis, mental/moral, spiritual dan religius.
Pendidikan dapat berlangsung secara formal di sekolah, informal di lembaga-lembaga pendidikan dan pelatihan dan nonformal dalam keluarga. Pendidikan agama di sekolah sebagai salah satu upaya pendewasaan manusia pada dimensi spiritual-religius.
Adanya pelajaran agama di sekolah di satu pihak sebagai upaya pemenuhan hakekat manusia sebagai makhluk religius (homo religiousus). Sekaligus di lain pihak pemenuhan apa yang objektif dari para siswa akan kebutuhan pelayanan hidup keagamaan. Agama dan hidup beriman merupakan suatu yang objektif menjadi kebutuhan setiap manusia.
Pelaksanaan pelajaran agama di sekolah selama ini sudah berjalan. Sekolah-sekolah di Indonesia memberlakukan/memasukkan pelajaran agama dalam kurikulum. Pelajaran Pendidikan Agama merupakan salah satu pelajaran 'wajib', harus ada dan diterima oleh para siswa.
Di Indonesia persekolahan-persekolahan swasta umum dengan ciri keagamaan tertentu menerapkan pelajaran agama sesuai dengan diri khas keagamaannya. Kenyataan di lapangan penerapan pelajaran agama di sekolah baik negeri dan swasta memuncukan dialektika atau bahkan menimbulkan problematika.
Selama ini masih berlaku sekolah dengan basis keagamaan hanya memberikan pelajaran agama sesuai dengan ciri khas keagamaan sekolah tersebut.
Di sekolah negeri tidak menjadi persoalan, walaupun pemerintah belum sepenuhnya secara merata menyediakan pengajar dan fasilitas yang memadai. Memang konsekuensinya adalah sekolah menyediakan guru agama sesuai dengan agama siswanya, menyediakan fasilitas pelajaran agama, dsb.
Apakah harus ada rumah ibadah macam-macam agama di sekolah swasta? PP. No. 55 Tahun 2007, pasal pasal 4, ayat (7) menegaskan: "Satuan pendidikan yang berciri khas agama tertentu tidak berkewajiban membangun rumah ibadah agama lain selain yang sesuai dengan ciri khas agama satuan pendidikan yang bersangkutan."
Dalam konteks otonomi sekolah, setiap sekolah umum keagamaan berhak hanya menawarkan pelajaran agama sesuai dengan ciri khasnya. Misalnya sekolah Katolik berhak hanya menawarkan pelajaran agama Katolik.
Sekolah Kristen hanya menawarkan pelajaran agama Kristen, sekolah Islam hanya menawarkan pelajaran agama Islam. Akan tetapi sekolah tidak berhak mewajibkan siswa-siswanya dari agama lain mengikuti pelajaran agama sesuai dengan ciri khas keagamaan sekolah yang bersangkutan.
Misalnya apabila sekolah Kristen atau Katolik menerima siswa bukan Kristen-Katolik, sekolah tersebut tidak berhak mewajibkan atau menekan orangtua untuk mengizinkan anak mereka yang bukan Kristiani mengikuti pelajaran agama Kristen-Katolik.