Sebagai salah satu pusat pendidikan, pesantren memiliki peran penting bagi perkembangan anak Indonesia. Sistem pendidikan di pesantren mengedepankan pendidikan Islam sebagai cara santri (sebutan untuk mereka yang belajar di pesantren) dapat menjalankan ajaran Islam.
Pesantren merupakan sebuah institusi pendidikan tradisional yang sudah ada di Indonesia sejak abad ke-14. Kemunculan pesantren di Indonesia pertama kali muncul pada masa Sunan Ampel (Raden Rahmat) bersamaan dengan periode pemerintahan Prabu Kertawijaya Majapahit. Sejarah panjang pesantren membuatnya selalu melakukan perubahan dari waktu ke waktu, untuk mengakomodir perkembangan jaman.
Pondok pesantren mempunyai empat ciri khusus yang menonjol. Mulai dari hanya memberikan pelajaran agama versi kitab-kitab Islam klasik berbahasa Arab, mempunyai teknik pengajaran yang unik yang biasa dikenal dengan metode sorogan dan bandongan/wetonan, mengedepankan hafalan, serta menggunakan sistem halaqah.
Hingga tahun 2024, jumlah pondok pesantren yang tersebar di Indonesia mencapai lebih dari 34.000 unit. Banyaknya jumlah pesantren tersebut dan juga pentingnya peran pesantren bagi negara ini membuat adanya undang-undang khusus yang mengatur tentang kegiatan pesantren. Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren mengatur berbagai hal terkait dengan penyelenggaraan pesantren, termasuk pendidikan, fasilitas, dan pendanaan.
Besarnya jumlah pesantren di Indonesia menjadi bukti pentingnya peran pesantren di Indonesia. Achmad Muchaddam Fahham menyatakan bahwa pesantren memiliki beberapa peran, di antaranya sebagai pusat transmisi ilmu-ilmu Islam tradisional, menjaga keberlangsungan Islam tradisional, dan wadah pencerdasan kehidupan bangsa. Kurangnya jumlah sekolah nasional di Indonesia dapat terakomodir dengan hadirnya pesantren di segala penjuru Indonesia.
Meski berada pada pola pendidikan Islam, pesantren juga tetap memedulikan pentingnya pembelajaran formal di sekolah. Bahwa pesantren juga mengharapkan agar santrinya dapat berkembang dan menjadi seseorang yang terkemuka di luar sana. Sebagai contoh dari keberhasilan pendidikan pesantren adalah presiden ke-4 Republik Indonesia, yakni Abdurrahman Wahid atau yang dikenal sebagai Gusdur. Meskipun tidak sepenuhnya menjalani pendidikan di dalam pesantren, namun ia pernah menjalani pendidikan di Pesantren Tambakberas dan Pesantren Tegalrejo.
Namun seiring dengan perkembangan zaman, IPTEK (Ilmu Pengetahuan dan Teknologi) telah berkembang dengan sangat cepat. Terciptanya teknologi yang semakin canggih telah mengubah perilaku masyarakat. Kemajuan teknologi telah mempengaruhi kehidupan ini dan tidak bisa dihindari, karena IPTEK memberikan banyak manfaat dan memudahkan kehidupan manusia.
Terobosan yang saat ini terjadi, seperti artificial intelligence (AI), teknologi nuklir, sistem pembayaran digital, dan lainnya merupakan sebuah bukti pesatnya perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi pada masa ini.
Untuk itu, guna mempersiapkan setiap anak di Indonesia dalam menghadapi perkembangan IPTEK, sekolah-sekolah di Indonesia sudah harus mulai menerapkan sebuah sistem yang dapat mengenalkan dampak positif dan dampak negatif perkembangan IPTEK ini. Perlu adanya materi pembelajaran yang sudah mengarah pada pemanfaatan teknologi, agar setiap anak nantinya dapat memanfaatkan teknologi yang ada.
Perkembangan IPTEK yang sangat pesat itu dapat menjadi sumber pijakan bagi sistem pendidikan di Indonesia agar tidak tertinggal. Namun sayangnya, sistem pendidikan tradisional masih dianut oleh sebagian besar pesantren yang ada di Indonesia. Jumlah mata pelajaran yang berkaitan dengan kurikulum nasional tidak sebanding dengan jumlah waktu untuk mempelajari ilmu agama. Mata pelajaran seperti matematika, bahasa Inggris, dan bahasa Indonesia masih dianaktirikan oleh pendidikan umum di pesantren.