Tragedi ninja Banyuwangi 1998 merupakan kelanjutan dari cerita pasukan gerakan anti tenung (GANTUNG) yang telah ditangkap oleh aparat hukum. Keadaan daerah Banyuwangi saat itu sudah berangsur-angsur membaik dan menjadi tenang seperti biasanya. Akan tetapi tiba-tiba saja muncul sebuah momok baru selain GANTUNG yang dinamakan oleh orang-orang di sana sebagai "ninja".
Sangat minim informasi mengenai ninja ini. Menurut beberapa sumber, orang-orang ini dinamakan ninja karena perawakan serta kostumnya saat beraksi benar-benar mirip seperti ninja di Jepang.
Mereka mengenakan baju hitam gelap disertai penutup wajah sehingga wajah mereka tidak dapat diidentifikasi. Selain itu kesaksian dari beberapa saksi juga berkata bahwa para ninja itu dapat berpindah dari satu tempat ke tempat lainnya dengan sangat cepat. Mereka juga kedapatan menggunakan handy-talkie dalam melakukan aksinya.
Fenomena ninja ini menjadi ancaman serius di Jawa Timur, terlebih pada daerah operasinya yang meliputi Pasuruan, Bondowoso, Situbondo, sampai Malang. Para ninja tersebut memilih kota besar sebagai tempat mereka beraksi karena di tempat tersebut memang merupakan "sarang target" bagi mereka.
Kengerian dari ninja ini tidak kalah saing dengan GANTUNG, mereka membunuh target mereka secara sadis dan tidak manusiawi. Kalau GANTUNG itu memburu para dukun, lain halnya dengan ninja.
Mereka tidak mengurusi para dukun melainkan mengincar para ulama dan kyai yang rata-rata berasal dari NU. Bukan hanya kaum agamis saja, para komplotan itu juga menyerang beberapa pegawai pemerintahan. Dalam sehari setidaknya terdapat 2 orang yang ditemukan sudah tidak bernyawa.
Para ninja tersebut dikatakan sudah sangat terlatih dan sistematis. Saat itu ketika listrik tiba-tiba saja padam, para warga sudah tahu bahwa mereka harus bersiaga karena itu tandanya ninja sudah akan memulai serangan. Tak lama kemudian setelah pemadaman tersebut, seseorang ditemukan tewas dengan keadaan yang sangat mengerikan.
Biasanya para ninja menggunakan pakaian serba hitam dan melakukan pembunuhan tanpa mengenal waktu dan tempat. Siang hari pun jika ada kesempatan, mereka tidak segan melancarkan pembunuhan walau tempat tersebut terjaga oleh beberapa orang dewasa. Karena ninja bisa berpindah dengan cepat, maka label yang menunjukkan nama di rumah warga pun mereka lepas untuk menghindari kebringasan dari ninja tersebut.
Masyarakat pun mulai resah dan tidak tahan akan kelakuan para komplotan bringas itu. Mereka akhirnya melakukan perlawanan balik. Para pria dewasa berjaga sedangkan anak-anak serta para wanita bersiaga dalam rumah dengan mengunci seluruh pintu dan jendela.
Rupanya cara ini membuahkan hasil. Satu-persatu mereka yang disebut sebagai ninja itu berhasil tertangkap. Karena kesuksesan strategi warga itu mereka menganggap bahwa para aparat keamanan gagal dalam menunaikan tugas mereka. Memang saat momok ninja tersebut terjadi, peristiwa reformasi 1998 telah terjadi dan pemerintah masih dalam fase pemulihan.