Indonesia dan Jepang tidak hanya bekerja sama dalam bidang politik dan ekonomi, tetapi juga bekerjasama dalam bidang pendidikan dan kebudayaan. Salah satu contoh kerjasama dalam bidang pendidikan dan kebudayaan adalah adanya program Nihongo Partner di Indonesia yang dimulai pada 2014. Program ini termasuk dalam pengenalan dan pertukaran budaya di negara ASEAN khususnya oleh Jepang. Proyek Jepang tersebut bernama WA Project-negara Asia yang saling mengenal.
Program ini memiliki sasaran anak di tingkat SMP dan SMA/SMK yang memiliki mata pelajaran Bahasa Jepang disekolahnya. Di Indonesia program ini telah dilakukan sejak 2014 hingga 2020. Pada tahun 2021, program ini sempat terhenti karena adanya pandemi Covid-19 yang nerebak.
Program Nihongo partner ini sendiri memiliki kegiatan pembelajaran Bahasa Jepang yang dilakukan oleh guru dari Jepang . Guru dari jepang tersebut telah dipilih di Jepang sesuai dengan kualifikasi tertentu. Di Indonesia, sekolah yang ingin mendapatkan program tersebut harus mendaftarkan diri terlebih dahulu dan akan disetujui oleh The Japan Foundation Jakarta dan Kementerian Pendidikan dan Kebuidayaan RI melalui seleksi.
Dalam pelaksanaan pembelajaran di kelas, guru dari Jepang tersebut akan didampingi oleh guru pengajar mata pelajaran. Pembelajaran akan dilaksanakan sesuai dengan kurikulum dan inovasi yang telah disiapkan. Pengenalan kebudayaan lokal juga dilakukan oleh siswa kepada gur Jepang tersebut.
Melihat ketertarikan siswa terhadapat program tersebut diharapkan program tersebut dapat dilaksanakan terus dalam kegiatan belajar di Indonesia. Guru juga dapat melatih kemampuan bahasa Jepangnya dengan berkomunikasi dengan guru Jepang tersebut. Dikutip dari SINDONEWS.COM, President The Japan Foundation, Ando mengatakan, "Sampai bulan Maret tahun 2019 sudah dikirimkan lebih dari 1.800 orang NP dari Jepang ke berbagai negara, lalu Indonesia menjadi negara terbesar jumlah penerima NP.
Pada tahun 2017 Presiden RI Jokowi dan Perdana Menteri Jepang Abe Shinzo bertemu di Indonesia dengan menyetujui bahwa pentingnya program ini untuk dilanjutkan serta diperluas kan untuk masa depan. Selain itu, program ini sangat membantu pada perkembangan pendidikan bahasa Jepang dan penumbuhan SDM global di berbagai negara, sekaligus memperdalamkan pengertian tentang masing-masing negara ASEAN di Jepang," katanya.
Melalui diskusi panel yang dipimpin perwakilan dari organisasi seperti MGMP kedua negara, didiskusikan makna pembelajaran bahasa Jepang sebagai alat komunikasi dan media pendidikan karakter, serta kemungkinan perpanjangan periode program NIHONGO Partners.
Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI Muhadjir Effendy mengatakan, "Kepada pemerintah Jepang, saya sangat berterima kasih sudah memulai program NIHONGO Partners ini. Melalui program ini, siswa-siswi dari Indonesia maupun Jepang dapat kesempatan untuk saling mengerti dan pertukaran budaya dan bahasa masingmasing, lalu mempraktikkannya dalam kehidupan seharihari. Dan juga dari program ini kita bisa mendapatkan kesadaran karakter serta pemahaman lintas budaya. Terima kasih banyak untuk program ini, dan kami mendukung supaya program ini bisa dilanjutkan."