Kementrian Agama Kabupaten Jepara disingkat dengan istilah Kemenag Jepara, dahulunya bernama Departemen Agama Kabupaten Jepara. Kantor Kementrian Agama Kabupaten Jepara didirikan pada tanggal 3 Januari 1946. Dengan dasar hukum pendirian ketetapan pemerintah No.1/SD tertanggal 03 Januarui 1946.
Kemenag Jepara merupakan lembaga pemerintahan daerah indonesia yang fokus dalam urusan agama Jepara yang terletak di Taman Sari Jepara di bawah naungan B. Muhammad Musa Yang pertama kali menjabat sebagai Kepala Kantor Kementerian Agama Jepara pada saat itu.
Beliau mulai menjabat dari tahun 1946 sampai dengan tahun 1959, setelah itu pindah kesamping masjid Baitul Makmur Kauman Jepara mulai dari tahun 1959 sampai tahun 1976. Sekitar tahun 1977 Kementerian Agama Jepara mendirikan bangunan tepatnya di jalan Ratu Kalinyamat No.01 Jepara dan berdiri kokoh sampai sekarang.
Kepemimpinan di kantor Kementerian Agama Jepara mulai dari awal sampai saat ini adalah sebagai berikut : B. Muhammad Musa (1946 1951), K. H. Achmad Fauzan (1951 1959), H. Abdul Mutholib (1959 1967), H. Abdullah (1967 1976), Soejadi (1976 1982), H. Harun Nurrosjid, BC, HK (1982 1988), H. M. Sidjan, Hp (1988 1992), H. A. Soehami Soelaman, BA (1992 1995), Drs. H. Madchan Anies (1995 1999), Drs. H. Abul Choliq, MT, M,Ag (2000 2001), Drs. H. Surandim Achmad, SH, M.Si (2001 2007), Drs. H. Ali Murtadlo , M. Pd.I (2007 2009), Drs. Sholikin (2009 2011), Drs. H. Muhdi, M.Ag (2012 2017), dan Drs. H. Nor Rosyid, M.S.I (sekarang).
Suatu instansi kepemerintahan pastilah memiliki Visi dan Misi, adapun Visi Kantor Kementerian Agama Kabupaten Jepara adalah " Terwujudnya masyarakat Kabupaten Jepara yang beriman dan bertaqwa, Mandiri, Rukun, Cerdas, Serta sejahtera Lahir dan Batin ". Sedangkan Misi Kementerian Agama Kabupaten Jepara adalah Meningkatkan kualitas kehidupan beragama, Meningkatkan kualitas kerukunan umat, Meningkatkan kualitas Roudlotul Athfal, Madrasah, Pendidikan Agama serta pendidikan keagamaan, Meningkatkan kualitas pelayan Ibadah Haji, Mewujudkan Tata Kelola kepemerintahan yang bersih dan berwibawah .
Selain memiliki Visi dan Misi Kemenag Jepara juga mengusung Tri Program Inti Kementerian Agama yang berdasarkan KMA. 397 tahun 2002 antara lain: pertama, Terwujudnya masyarakat yang agamis berperadapan luhur berbasiskan hati nurani yang disinari oleh ajaran agama.
Kedua Terhindarnya perilaku radikal ekstrim, tidak toleran dan ekslusif dalam kehidupan beragama sehingga terwujud masyarakat yang rukun, damai dalam kebersamaan dan ketenteraman. Ketiga, Terbinanya masyarakat agar menghayati, mengamalkan ajaran agama dengan sebenarnya, mengutamakan kebersamaan dan menghormati perbedaan melalui Internelasasi Ajaran Agama.
Terkait masalah program kemenag kedepannya H. Nor Rosyid menegaskan bahwa Rumusan enam etika kerukunan umat beragama penting untuk dipahami dan di taati dalam menjaga kerukunan indonesia yang majemuk.
Adapun enam etika kerukunan umat beragama yaitu setiap pemeluk agama memandang pemeluk agama lain sebagai sesama makhluq ciptaan tuhan, setiap pemeluk agama memperlakukan pemeluk agama lain dengan baik, setiap pemeluk agama bersama pemeluk agama lain mengembangkan dialog dan kerjasama kemanusiaan, setiap pemeluk agama tidak memandang agama orang lain dari sudut pandangnya sendiri, setiap pemeluk agama menerima dan menghormati persamaan dan perbedaan masing masing agama, dan setiap pemeluk agama berkomitmen bahwa kerukunan antar umat beragama tidak menghalangi penyiaran agama.
Mohammad Burhanudin. KPI Semester 6