Suatu kegiatan penelitian dilakukan atas dasar adanya suatu masalah. Demikian pula penelitian kualitatif tidak dimulai dengan suatu yang "kosong", tetapi dilakukan atas persepsi seseorang terhadap adanya suatu masalah.
Masalah penelitian dalam penelitian kualitatif disebut fokus. Sehingga penentuan masalah bergantuung dari paradigma apakah yang dianut oleh seorang peneliti, yakni apakah ia sebagai peneliti, evaluator, ataukah sebagai peneliti kebijakan.
Dengan demikian (Moleong, 1994) akan ada tiga macam masalah, yaitu: "masalah" untuk peneliti. "evaluands" untuk evaluator, dan "pilihan kebijakan" untuk peneliti kebijaksanaan.
Fokus penelitian sebenarnya berfungsi sebagai wahana untuk membatasi kajian suatu kajian yang akan dilakukan.
Perumusan masalah dalam penelitian kualitatif sebaiknya didahului dengan adanya studi pendahuluan (pra-penelitian) Seorang peneliti dalam merancang penelitian pasti mempunyai orientasi teoritik, walaupun penelitian itu menggunakan pendekatan kualitatif.
Fokus yang merupakan "alat" untuk menggiring dan mengarahkan dalam usaha menjawab per tanyaan penelitian (question research) melalui pengkajian di lapangan. Untuk menuju kepada pertanyaan penelitian, akan didahului dengan uraian latar belakang permasalahan yang bersifat induktif dan gamblang sehingga benar-benar masalah tersebut memang penting untuk diteliti dan tidak dapat di jawab dengan segera.
Fenomena yang hendak diangkat se harusnya menunjukkan adanya sesuatu ketimpangan dalam kehidupan masyarakat yang tidak bisa secara langsung di jawab dengan sebuah teori. Sehingga dalam memandang fenomena itu dalam benak peneliti akan diselimuti berbagai pertanyaan, misalnya "Mengapa begini, mestinya begitu?, "Bagaimana hal itu bisa terjadi?" dan lain-lain, sehingga ia akan termotivasi untuk mengkaji lebih lanjut.
Secara sederhana fokus penelitian dapat berupa masalah, obyek evaluasi atau pilihan kebijakan, atau hal lainnya.
Hal tersebut juga bergantung dari jenis subyek yang diteliti. Penetapan fokus atau masalah dalam penelitian kualitatif bersifat fleksibel, dengan kata lain walaupun rumusan masalah sudah dirumuskan dengan baik atas dasar penelaahan kepustakaan dan ditunjang dengan sejumlah pengalaman tertentu, bisa jadi terjadi sesuatu hal yang tidak memungkinkan masalah tersebut untuk diteliti.
Sehingga perumusan fokus atau masa lah penelitian kualitatif bersifat tentatif, artinya penyempurnaan rumusan fokus masih tetap dilakukan sewaktu peneliti sudah berada di latar penelitian (Fatchan, 2005).