Sebagai subsistem pendidikan nasional, agar tidak tereliminasi dari mainstream pendidikan Nasional, lembaga pendidikan Islam khususnya madrasah harus segera mereposisi diri sesuai dengan semangat perubahan pada era globalisasi ini.
Pendidikan Isiam dan pendidikan nasional berada dalam ruang lingkup, peran, fungsi, dan tujuan yang hampir sama antara transfer of value (transfer nilai) dan transfer of knowledge (transfer pengetahuan) yang sejalan dengan ajaran Islam
Peluang pendidikan Islam bisa meliputi:
1. Peningkatan fungsi dan peranan,
2. Peningkatan persaingan dan antisipasi agama,
3. Pengembangan kelembagaan, dan kerjasama.
Tantangan pendidikan Islam yang dianut saat ini didasarkan pada aspek-aspek kehidupan sehari-hari yang meliputi faktor ekonomi, politik, sosial, agama, dan faktor-faktor lain yang dimaksudkan agar terselenggara berdasarkan prinsip-prinsip yang lebih demokratis, transnasional, keadilan, jujur, manusiawi, dan modern berdasarkan keyakinan masyarakat Madani yang berbasis Al-Qur'an dan Sunnah Nabi.
Solusi pendidikan Islam sebagai sub sistem pendidikan nasional:
1. Persyaratan perkuat kurikulum khusus dan metode pengajaran yang selaras dengan perkembangan zaman.
2. Memperhatikan perkembangan sumber daya manusia yang berkualitas.
3. Pentingnya kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi sejalan dengan perkembangan zaman.