Republik Maluku Selatan atau yang sering disebut RMS merupakan suatu gerakan separatisme yang dibentuk untuk tujuan membendung proses kembalinya RIS menjadi NKRI.
Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) memiliki tujuan yang sama dengan pemberontakan Andi Aziz, yaitu pembentukan KNIL (Koninklijke Nederlandsch Indische Leger) atau Tentara Kerajaan Hindia Belanda setelah Konferensi Meja Bundar (KMB).
Keberhasilan anggota APRIS (Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat) masyarakat Maluku Selatan merasa bersemangat dan optimis untuk kembali ke negara kesatuan Republik Indonesia, namun keinginan tersebut mendapat tentangan dari berbagai pihak.
Aksi teror terjadi akibat kontradiksi tersebut, sehingga tidak jarang korban meninggal dunia akibat aksi tersebut. Terlepas dari kejadian tersebut, benih-benih gerakan separatisme ini bertunas dan pemerintah setempat berusaha memprovokasi masyarakat Ambon untuk tetap waspada terhadap penggabungan wilayahnya dengan negara kesatuan Republik Indonesia.
Pada 20 April 1950, terjadi mosi tidak percaya di parlemen Negara Indonesia Timur (NIT) dan selanjutnya masuk ke dalam negara kesatuan Republik Indonesia, serta salah satu kegagalan Andi Aziz Pemberontakan itu berujung pada berakhirnya Negara Indonesia Timur.
Berakhirnya peristiwa tersebut menarik tanggapan dari Dr. Soumokil dan para pengikutnya. Mereka sangat yakin bahwa mereka tidak mau bergabung dengan negara kesatuan Republik Indonesia. Dalam perundingan Ambon, anggota KNIL dan Ir. Manusaman yang mengusulkan agar Maluku Selatan tetap menjadi wilayah merdeka, namun usulan ini segera menimbulkan suasana tegang karena ada usulan untuk membunuh semua anggota dewan di Maluku Selatan. Namun usulan anggota KNIL itu ditolak, bahkan anggota dewan mengusulkan agar proklamasi dilakukan langsung di Maluku Selatan, dipimpin langsung oleh sang proklamator, Johannes Hermanus Manuhutu.
Soumokil memproklamirkan Republik Maluku Selatan (RMS). RMS kemudian menjadi momok bagi separatis Indonesia karena menimbulkan banyak kontroversi baik dari pihak penerbit maupun latar belakang lahirnya gerakan separatis ini. Banyak latar belakang yang melatarbelakangi tumbuhnya gerakan RMS, salah satunya adalah faktor politik dengan adanya pemerintahan yang sentralistik.
Peran pemerintah yang mendominasi pemerintah daerah tidak hanya menarik banyak sumber ekonomi ke pusat, tetapi juga memfokuskan perhatian dan upaya pemerintah daerah untuk membuat pusat lebih terpenuhi. Hal ini sangat berbanding terbalik dengan apa yang dirasakan masyarakat Maluku pada masa penjajahan Belanda.
Secara historis, Maluku dipengaruhi oleh konstruksi kolonialisme Belanda. Sejalan dengan kebijakan memecah belah (divide et impera), Belanda mendorong pembangunan pendidikan di Maluku Selatan secara diskriminatif. Orang-orang Kristen Maluku Selatan yang terpelajar banyak yang terserap ke dalam birokrasi Belanda, sedangkan yang tidak berpendidikan bergabung dengan tentara kolonial Belanda, membuat rakyat Maluku lebih nyaman dan sejahtera di bawah kepemimpinan Belanda saat itu.
Pasca kesepakatan politik untuk membentuk Republik Indonesia Serikat (RIS) pada Konferensi Meja Bundar (KMB), Belanda sangat berambisi untuk mempengaruhi kehidupan ketatanegaraan Indonesia.
Karena keberadaan negara RIS, Belanda masih memiliki kesempatan untuk memberikan pengaruh melalui berbagai negara boneka. Mereka berjalan menuju fondasi kekuatan bangsa dan melebur baja persatuan bangsa Indonesia. Seperti virus yang menggerogoti pemikiran bangsa hingga akhirnya bersimpati dengan usaha mereka, seperti yang terjadi di Timor Timur.