Banyaknya mahasiswa yang menjadi korban NII jelas mengindikasikan bahwa NII memang menyasar ke kalangan intelektual. Sejumlah kampus memang mulai melakukan langkah antisipatif terhadap penyebaran NII. Namun kecemasan kalangan kampus justru dianggap tidak sebanding dengan peran pemerintah. Dekan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik (FISIP) UIN Syarif Hidayatullah Jakarta, Bachtiar Effendy, menilai pemerintah tidak berbuat apa-apa dalam kasus ini.
"Nggak ada yang dikerjakan oleh pemerintah dalam konteks ini, nggak pernah kita ada pengetahuan bagaimana kebijakan pemerintah berkaitan persoalan NII. Sebetulnya ini persoalan lama," kata Bachtiar Effendy.
Namun sepertinya tidak mudah bagi pemerintah untuk melarang NII. "Dilarangnya bagaimana, organisasinya apa? Selama ini di kepolisian nggak ada organisasi itu. Jadi kalau memproklamirkan seperti itu, seperti apa tindakan yang mesti kita cegah," kata Menko Polhukam Djoko Suyanto.
Gerakan Negara Islam Indonesia (NII) dinilai tidak sesuai dengan nilai-nilai ajaran Islam. "NII tidak sesuai dengan kaidah Islam," kata mantan calon wakil presiden, Prabowo Subianto usai Rapat Kerja Dewan Masjid Indonesia di Batam, Jumat (29/4).
Menurut Prabowo, meski gerakan itu bernama Negara Islam Indonesia, namun, NII bukan Islam. Islam mengajarkan kedamaian, bukan pemberontakan. Ketua Dewan Pembina Partai Gerindra ini juga mengutuk keras terorisme yang disinyalir dilakukan aktivis NII
