Pada dasarnya, semua sekolahan dasar di Indonesia mayoritas yang melakukan program BK adalah wali kelas yang sudah pasti bukan tenaga ahli profesional lulusan bimbingan konseling. Sehingga sering dijumpai beberapa hambatan dalam pelaksanaannya, yakni :
1) Program BK belum terstruktur
2) Mekanisme pemberian layanan BK belum mumpuni.
3) Kompetensi guru non BK masih kurang.
Guna mengatasi hambatan tersebut ada beberapa solusi yakni membenahi manajemen BK dengan memberikan program mingguan, mengikuti kompetensi guru dengan pelatihan/workshop, dan bekerja sama serta melakukan komunikasi dengan orang tua peserta didik.
