Rajungan merupakan hewan yang mengalami daur hidup berupa telur, zoea, megalops, juwana, dan dewasa. Telur hewan ini dihasilkan oleh betina dewasa.
Sekali bertelur, jumlahnya mulai dari puluhan ribu sampai jutaan butir. Sebagian besar telur ini menetas menjadi zoea. Pada rajungan liar, jumlah rajungan yang menetas lebih sdikit daripada yang ada di tempat penengkaran. Zoea ini awalnya mendapat nutrien dari telurnya. Setelah itu, memakan plankton yang ukurannya sesua dengan bukaan mulutnya.
Selama masa telur sampai zoea ini, rajungan rentan terhadap serangan pemangsa. Sebagian besar rajungan liar mati dimakan ikan dan predator laut lainnya.
Zoea tumbuh menjadi megalops. Bentuk megalops sudah menyerupai rajungan dewasa. Ukurannya yang kecil tetap membuatnya rentan diserang pemangsa.
Megalops hidup di dasar estuari. Dalam waktu beberapa bulan, megalops berubah menjadi juwana atau rajungan muda. Bentuknya sudah sama dengan rajungan dewasa dan karapasnya sudah keras.
Rajungan yang sudah memasuki masa dewasa jenis kelaminnnya mudah dibedakan. Rajungan jantan dewasa lebih besar dan sapitnya lebih panjang dibandingkan rajungan betina.
Warna karapas, sapit, dan kaki jalan rajungan jantan dominan biru terang dengan bercak putih tidak beraturan, tetapi karapas, sapit, dan kaki jalan betinanya dominan berwarna hijau kusam.
Alat kelamin rajungan jantan berbentuk segitiga dan ujungnya agak meruncing, sementararajungan betina cenderung membulat serta berbentuk huruf V atau U terbalik. Alat kelamin ini terletak pada perut rajungan tersebut.
Rajungan yang sudah siap pijah, akan mencari pasangan untuk melakukan reproduksi. Proses reproduksi dimulai dengan melakukan pemijahan. Biasanya dilakukan saat rajungan betina dewasa baru memulai atau selesai molting. Prosesnya memakan waktu 4 -- 10 hari.
Setelah pemijahan, rajungan jantan masih berada di dekat betinanya sampai betinanya selesai molting.
Rajungan betina dapat menyimpan sperma rajungan jantan di dalam tubuhnya. Dengan demikian, proses pembuahannya dapat berlangsung saat pemijahan atau ditunda sampai telurnya siap.