1. Akar
Sistem perakaran melon terdiri atas akar primer, sekunder, dan tersier. Pusat dari sistem perakaran tersebut adalah pada akar primer atau akar utama.
Panjang akar primer pada melon budidaya biasanya sekitar 15 -- 20 cm, tetapi pada melon liar dapat jauh lebih panjang, terutama yang hidup di daerah tandus.
Dari akar primer ini tumbuh akar-akar sekunder. Setelah itu, tumbuh akar rambut atau tersier. Pertumbuhan akar sekunder dan tersier tanaman melon cenderung horizontal pada kefalaman kurang dari 60 cm. Akar ini dapat menjalar sekitar 35 -- 45 cm dari batang utama.
Sistem perakaran yang dangkal ini terutama terdapat pada melon budi daya yang disiram dengan baik. Jika kekurangan air, dengan sendirinya akar melon akan tumbuh ke arah yang lebih dalam.
2. Batang dan Cabang
Seperti akarnya, batang tanaman melon juga terdiri atas batang primer, sekunder, dan tersier yang tumbuh menjalar. Batangnya berwarna hijau muda dengan bentuk segi lima tumpul, sehingga terlihat hampir seperti tabung.
Pada permukaan batang yang tidak berkayu ini, tumbuh rambut atau bulu-bulu pendek, lebat, dan tegak, sehingga membuatnya terasa kasar jika diraba. Ciri lain batang melon adalah terdapat ruas-ruas dan lekukan. Di dekat ruas-ruas inilah tunas cabang dan daun biasanya tumbuh.
Pada batang utama ini, dapat tumbuh 3 -- 4 batang sekunder atau cabang besar. Panjang cabang ini biasanya lebih panjang atau minimal sama dengan batang utama. Pada kultivar tertentu, panjang cabang primer dan sekunder ini dapat mencapai 15 m.
Pada tanaman melon yang baru tumbuh, batangnya tertutup rambut yang lebat dan ikal. Semakin bertambah umur, rambut pada batangnya akan berkurang.
Seiring dengan itu, batangnya mengeras dan terlihat berkilau. Pada batang ini juga tumbuh sulur.