Sebagian besar melon yang dipasarkan di Indonesia adalah yang kulitnya bertekstur jaring. Melon seperti ini dikenal dengan nama netted melon atau cantaloupe. Padahal, tidak semua melon seperti itu. Ada juga melon yang berkulit mulus seperti semangka atau timun suri.
Menurut Interagency Taxonomic Information System (ITIS), klasifikasi tanaman melon adalah sebagai berikut.
Kerajaan : Plantae
Divisi : Tracheophyta
Subdivisi : Spermatophytina
Kelas : Magnoliopsida atau Angiospermae
Ordo : Cucurbitales
Famili : Cucurbitaceae
Genus : Cucumis
Spesies : Cucumis melo L.
Ada beberapa sistem klasifikasi makhluk hidup yang dipakai secara ilmiah. Klasifikasi melon di sini merujuk pada ITIS yang menggunakan sistem tujuh kerajaan, yaitu Bacteria, Protozoa, Plantae, Fungi, Animalia, Chromista, dan Archaea.
Melon merupakan makhluk hidup yang tergabung dalam Kerajaan Plantae. Salah satu ciri makhluk hidup yang termasuk ke dalam Kerajaan Plantae ini adalah memiliki zat hijau daun atau klorofil. Adanya zat hijau daun ini membuat makhluk hidup tersebut dapat membuat makanan sendiri.
Kerajaan Plantae ini dibagi menjadi delapan divisi, yaitu Anthocerotophyta, Bryophyta, Charophyta, Chlorophyta, Glaucophyta, Marchantiophyta, Rhodophyta, dan Tracheophyta. Sebagian besar tumbuhan dimasukkan ke dalam divisi Tracheophyta, termasuk melon.
Tracheophyta terbagi menjadi tiga subdivisi yang salah satunya adalah Spermatophytina atau tumbuhan berbiji. Fungsi biji pada tumbuhan ini adalah sebagai alat perkembangbiakkan generatif.
Tumbuhan biji dibedakan menjadi dua, yaitu tumbuhan berbiji terbuka (Gymnospermae) dan tumbuhan berbiji tertutup (Angiospermae). Pada Gymnospermae, bakal bijinya terdapat di luar dan tidak dilindungi daging buah, sebaliknya biji pada Angiospermae tertutup oleh daging buah. Angiospermae dikenal juga dengan nama Magnoliopsida.
Pada kelompok Magnoliopsida ini terdapat 62 ordo yang salah satunya adalah Cucurbitales. Ciri tanaman yang tergabung dalam ordo ini antara lain pada daunnya terdapat pembuluh yang menyebar dari pangkal daun, sepal dan petalnya tidak terlalu berbeda, serta bunga jantan dan betinanya tumbuh sendiri-sendiri.
Bentuk bunga jantan dan betina ini juga berbeda. Meskipun demikian, pada spesies atau varietas tertentu ada yang bunganya mengandung sel kelamin jantan dan betina secara bersamaan. Bunga seperti ini disebut juga bunga banci atau bunga sempurna.
Di dalam Ordo Cucurbitales terdapat 8 famili yang salah satunya adalah Cucurbitaceae atau labu-labuan. Persamaan spesies tanaman yang berada dalam famili Cucurbitaceae antara lain pada batangnya tumbuh sulur atau anak sulur dan pada tubuhnya terdapat zat kimia yang disebut cucurbitasin. Selain melon, contoh tanaman yang tergolong ke dalam Cucurbitaceae adalah mentimun, labu, semangka, dan waluh.
Famili Cucurbitaceae ini kemudian dibagi menjadi 34 genus yang salah satunya adalah Cucumis L. Menurut ITIS, di dalam genus Cucumis L. ini terdapat setidaknya 8 spesies, yaitu Cucumis anguaria L., Cucumis dipsaceus Ehrenb., Cucumis ficifolius A. Rich., Cucumis metuliferus E. Mey. ex Naudin., Cucumis myriocarpus E. Mey. ex Naudin, Cucumis prophetarum L., Cucumis sativus L., dan Cucumis melo L.