Masalah kesehatan di Indonesia saat ini masig begitu banyak dan beragam, masih banyak program yang belum terlaksana dengan baik, hal itu dapat terjadi karena berbagai hambatan, yaitu :
Persebaran Tenaga Kesehatan yang Tidak Merata
Jika dilihat dari sumber daya yang ada, jumlah tenaga kesehatan yang diperlukan masih banyak yang terpusat di kota-kota besar saja. Meskipun jumlah tenaga kesehatan sudah mencukupi, namun persebarannya kurang merata. Terutama didaerah-daerah terpencil, tertinggal, perbatasan dan kepulauan.
Lebih mengutamakan bidang Kuratif dibanding bidang Preventif dan Promotif
Mencegah lebih baik dari pada mengobati! Dengan adanya paradigma baru kesehatan dari paradigma sakit menjadi paradigma sehat, bidang promotif dan preventif seharusnya lebih ditingkatkan. Seharusnya pemerintah lebih mendorong masyarakat untuk berperilaku sehat. Mengapa? Jika dilihat biaya yang dikeluarkan untuk mengobati penyakit jauh lebih sulit dan membutuhkan biaya yang mahal jika dibandingkan dengan menjaga pola hidup sehat.
Tidak Meratanya Persebaran Fasilitas Kesehatan/ Infrastruktur
Sebanding dengan Tenaga Kesehatan, Infrastruktur kesehatan juga tidak tersebar secara merata. Apalah gunanya bila masyarakat Indonesia itu sudah sadar akan pentingnya kesehatan namun kesadaran itu tidak didukung dengan adanya fasilitas yang memadai untuk menunjang aktivitas kesehatan. Didaerah-daerah pelosok, masih banyak yang memiliki Puskesmas yang tidak sesuai dengan standar puskesmas yang baik.
Masih banyak lagi masalah kesehatan yang hingga kini, namun dengan pemerintahan yang baru ini harapan penuh agar masalah-masalah kesehatan tersebut dapat diselesaikan.