PONPES ini didirikan oleh penyiar Agama Islam yang bernama KH. Harun Bersama istrinya Ny. Hj. Khodijah salah seorang pedagang Madura, PONPES ini sudah ada sejak Abad pertengahan 18 di desa Mlokorejo dan dijadikan sebuah tempat pusat pembelajaran Al-Qur'an dan Kajian daftar Ilmu Agama. KH. Harun mempunyai tiga orang putra dan satu putri, Putri KH. Harun bernama Habibah yang dikenal dengan Ny.Hj. Maimunnah dan dikemudian hari nikahkan dengan pemuda bernama Hasyim atau KH. Irsyad Hasyim salah satu santri Syaikhona KH. Moch Kholil Bangkalan dengan bekal ilmu pengetahuan , kepandaian, dan keistiqomahannya. KH. Hasyim Irsyad terus mengembangkan tempat pengajian tersebut hingga terwujud sebuah pesantren.
Pasangan KH. Hasyim Irsyad dan Ny. Hj, Maimunnah mempunyai tujuh orang putra yaitu Ny. Hj. Hamidah Hasyim, Moch. Kholil beliau wafat muda, KH. Hasan Basri Hasyim, KH. Hj. Khotib Hasyim NY. Hj. Khoiriyah Hasyim, KH. Hj. Abdul Karim Hasyim dan Ny Hj. Juwariyah Hasyim. Setelah salah satu Putri KH. Irsyad Hasyim yang bernama Ny. Hj Hamidah Hasyim Menikah Kepemimpinan pesantren ini diserahkan kepada menantu Beliau yang bernama KH. Hj. Abdullah Yaqien alumni PONPES Darul Ulum Banyu Anyar dan PONPES Al Wafa Tempurejo.
Seiring berjalannya Waktu dengan bertambahnya para santri dan semakin banyaknya santri yang ingin menentap, pada tahun 1940 atas saran KH. Ali Wafa Tempurejo (pengasuh PP. Al Wafa Tempurejo). KH. Abdullah Yaqien memberi nama pesantren dengan nama Pondok Pesantren BUSTANUL ULUM, dalam rangka turut berpastispasi mencerdaskan anak bangsa dan adanya anggapan bahwa seprang santri juga harus memahami berbagai ilmu,
Kemudian pada tahun 1950 ini Pondok Pesantren Bustanul Ulum membuka sekolah formal, sekolah formal ini dibuka dari Lembaga yang rendah Roudatul Atfal sampai Lembaga tinggi pada saat itu yaitu, Pendidikan Guru Agama (PGA). Setelah berbagai Lembaga formal ini didirikan pada tahun 1956 KH. Abdullah Yaqien mendirikan Yayasan Wakaf Pendidikan Islam (YWPI). Pendirian Yayasan ini dimaksudkan utnuk memayungi berbagai Lembaga formal dan non formal kemudian turut bergabung dengan Pondok Pesantren Bustanul Ulum Mlokorejo.
Perjalanan Pondok Pesantren Bustanul Ulum iini semakin berkembang. Perkembangan ini ditandai dengan adanya beberapa cabang Madrasah atau sekolah dan pesantren di luar pondok pesantren Bustanul Ulum Mlokorejo. Sebagainketua Yayasan KH. Abdullah Yaqien berkeinginan agar Yayasan ini tidak hanya mengurus diberbagai Pendidikan tetapi juga turut berkiprah dan menyejahterahkan masyarkat khususnya masyarakat disekitar pesantren.
Pada tahun 1979 yayasan Wakaf Pendidikan Islam (YWSPI) dirubah atau disempurnakan menjadi Yayasan Wakaf Sosial Pendidikan Islam (YWSPI) dengan akta pendirian nomor 35, 14 Maret 1979. Setelah pucuk kepemimpinan di pegang oleh KH. Syamsul Ariifin Abdullah pada tahun 1989 lembaga Pendidikan formal di lingkungan Pondok Pesantren Bustanul Ulum di non Aktifkan. Penon aktifan ini sangat tepat karena kurang tersedianya Sumber Daya Manusia yang mewadai berdasarkan hal tersebut. KH. Syamsul Arifin Abdullah ini memetuskan untuk mengembalikan pesantren ini pada bidang salafiyah dengan harapan para santri bisa menjadi generasi yang Tafaqquh fi addin yaitu generasi yang menjalanai kehidupan keagaman sesuai dengan syariat islam.
Seiring berkembangnya zaman pembelajaran non formal saja belum cukup, para sepuh, pengurus, dan wali Santri mengharapakan di lingkungan Pondok Pesantren Bustanul Ulum Mlokorejo didirikan kembali sekolah formal setelah melaui proses Musyawarah yang Panjang akhirnya pada tahun 2000 SMP Plus Bustanul Ulum didirikan melihat keberminatan santri yang semakin tinggi terhadap ilmu formal, setelah tiga tahun kemudian kemudian didirikanlah SMA Sultan Agung Filial Mlokorejo yang dua tahun kemudoian berganti nama SMA Plus Bustanul Ulum pada tahun 2007.
Baca konten-konten menarik Kompasiana langsung dari smartphone kamu. Follow channel WhatsApp Kompasiana sekarang di sini: https://whatsapp.com/channel/0029VaYjYaL4Spk7WflFYJ2H