Novel Perahu Kertas menceritakan tentang cinta, persahabatan, dan impian. Kugy, seorang gadis yang suka berkhayal dan menulis dongeng. Ia kerap kali membuat surat untuk Dewa Neptunus dalam bentuk perahu kertas yang dihanyutkan ke danau atau laut.
Sejak kecil, Kugy bercita-cita menjadi seorang juru dongeng, namun ia menyadari bahwa juru dongeng adalah profesi yang tidak meyakinkan dan tidak akan mudah diterima masyarakat. Kugy memiliki cara agar dirinya tidak jauh-jauh dari dunia kepenulisan, yakni dengan melanjutkan studinya di Fakultas Sastra di Bandung.
Sementara itu, Keenan adalah seorang pria yang gemar melukis. Setelah singgah di Amsterdam bersama sang nenek, Keenan akhirnya kembali ke Indonesia dan mengenyam pendidikan di Kota Bandung. Keenan sebenarnya bercita-cita untuk menjadi seorang pelukis. Namun, ia terpaksa masuk ke Fakultas Ekonomi karena keinginan sang ayah.
Sahabat Kugy sejak kecil, Noni, mempertemukan dirinya dengan Keenan. Keenan sendiri merupakan sepupu dari kekasih Noni yang bernama Eko. Keempatnya pun bersahabat. Hari kian berlalu, Keenan menyukai dongeng-dongeng yang dibuat Kugy dan menggambarkan tokoh-tokohnya dengan lengkap hingga menyerupai buku komik. Kugy sangat senang dengan apa yang dilakukan Keenan. Lambat laun tanpa mereka sadari mereka saling mengagumi diri masing-masing yang tanpa terasa menimbulkan gejolak cinta diantara mereka. Sayangnya, keadaan yang membuat mereka tidak memiliki kesempatan untuk mengungkapkannya.
Kugy sudah memiliki kekasih, bernama Joshua. Keenan pun dicomblangkan oleh Eko dan Noni dengan Wanda, saudara Noni. Seiring berjalannya waktu, Keenan dan Wanda semakin dekat, mereka pun menjadi sepasang kekasih.
Mendengar Keenan dan Wanda berpacaran, dirinya seakan cemburu, tetapi ia terlihat seolah tidak peduli, bahkan menyangkal rasa cemburu itu. Kecemburuan yang dirasakan Kugy terus ia pendam, hingga akhirnya ia mengalami perubahan dalam bersikap kepada sahabat dan pacarnya. Ojos yang merasakan adanya perubahan tersebut, yakni menjadi kurang peduli dan dingin. Hingga akhirnya, hubungan mereka berdua terpaksa kandas.
Kemudian, hubungan antara Keenan dan Wanda yang awalnya berjalan baik-baik saja, lambat laun mulai berbeda dan berubah. Hingga akhirnya hubungan mereka kandas jua. Persahabatan mereka berempat, yakni Keenan, Kugy, Eko, dan Noni pun juga terkena dampak tersebut, hubungan mereka kian merenggang.
Keenan terpaksa pergi meninggalkan kehidupannya di Bandung dan pergi ke Ubud, Bali. Di sana, ia berhasil menciptakan sebuah karya lukisan berseri yang amat terkenal, bahkan menjadi buruan para kolektor lukisan dengan modal kisah dalam buku "Jenderal Pilik dan Pasukan Alit" yang diberikan oleh Kugy.
Di balik itu, Kugy yang sangat kehilangan para sahabatnya, ia merasa sepi berada di Bandung dan mencoba untuk menata kembali hidupnya. Setelah lulus kuliah, Kugy bekerja sebagai copywriter pada sebuah biro iklan di Jakarta. Di tempat Kugy bekerja, ia bertemu dengan seseorang bernama Remi yang merupakan atasannya. Keduanya jatuh cinta dan memutuskan untuk menjalin hubungan.
Di samping itu, Keenan tidak bisa untuk terus menerus tinggal di Bali dengan kondisi kesehatan sang ayah yang semakin memburuk. Tidak ada pilihan lain, ia terpaksa pulang ke Jakarta dan memimpin perusahaan keluarganya. Keenan dan Luhde, sementara Kugy dengan Remi. Mereka semua merasa bahwa telah bertemu dengan orang yang tepat dan cinta yang sesungguhnya.
Akan tetapi, hal itu tidaklah lama. Remi merasa bahwa Kugy hanya setengah hati padanya, demikian pula dengan Luhde. Hingga akhirnya, lukisan milik Keenan dan dongeng milik Kugy bertemu dengan impian dan hati yang seiringan bersatu.