Hambatan atau kendala dapat diartika dengan halangan rintangan keadaan yang membatasi, menghalangi mencegah pencapaian sasaran. Berikut hambatan yang dialami guru BK dalam mengatasi kesulitan belajar.
1.Kurangnya sarana dan prasarana. Sekolah perlu memperhatinkan prinsip-prinsip bimbingan konseling, pengadaan ruang bimbingan konseling perlu mempertimbangkan seperti letak atau lokasi ruang bk berada di tempat yang strategis, ukurang yang pas, dan jumlah ruangan, serta fasilitas pendukung kinerja konselor, berupa: komputer, meja kerja, lemari, rak buku, kursi kerja, dsb. Sarana prasarana sekolah yang memadai tentunya akan berpengaruh bagi tenaga pendidik dan peserta didik dalam proses belajar.
2.Kurangnya kepedulian orang tua. Banyak kasus yang ditemukan guru BK menghadapi masalah pribadi siswa yang erat kaitannya dengan ketidakrukunan keluarga. Biasanya guru BK melakukan home visit, tetapi banyak orang tua yang tidak mengetahui keadaan anaknya di sekolah karena sibuk dengan kegiatanya masing-masing.
3.Kurang pengakuan terhadap guru BK. Hambatan yang ditemui dalam pelaksanaan layanan yaitu sekolah tidak mengakui dan dukungan dari pihak stake holder dari kepala sekolah tidak mengakui peran guru BK. Adanya guru BK bukan semata-mata karena adanya undang-undang yang mewajibkan setiap sekolah harus memiliki guru BK. Namun, dengan adanya guru BK diharapkan siswa dapat mengembangkan potensinya lebih optimal.