Nahdlatul Ulama didirikan pada tanggal 31 Januari 1926 sebagai perwakilan ulama tradisionalis yang mendapat bimbingan ideologis dari Ahlus Sunnah wal Jamaah, termasuk ulama seperti K.H. Hasyim Asy'ari dan K.H. Wahab Hasbullah. Pada saat reformasi mulai meluas, mereka bergabung dengan ulama lain. Hubungan mereka sudah sangat kuat meskipun mereka terorganisir. Di beberapa wilayah di tanah air, perayaan seperti haul atau peringatan wafatnya seorang kyai masih dilakukan secara rutin dengan mengumpulkan masyarakat sekitar, Ajaran Ahlus Sunnah wal Jama'ah (Aswaja), yang didasarkan pada Al-ur'an, Sunnah, dan Ijma, mendukung NU.
Sedangkan, Muhammadyah berdiri tanggal 18 November 1912 Myang merupakan lahirnya gerakan Islam modernis terbesar di Indonesia. Sebuah gerakan yang didirikan oleh Kyai Haji Ahmad Dahlan atau Muhammad Darwis dari kota santri Kauman Yogyakarta, seorang kyai yang alim, cerdas, dan berjiwa pembaru. "Muhammadiyah" secara bahasa berarti "pengikut Nabi Muhammad", dan digunakan untuk mengaitkan dengan ajaran dan perjuangan Nabi Muhammad. Menurut H. Djarnawi Hadikusuma, pemberian nama tersebut dimaksudkan untuk menjelaskan bahwa pendukung organisasi itu ialah umat Muhammad, dan asasnya adalah ajaran Nabi Muhammad saw, yaitu Islam.
Selain dari sejarah didirikannya gerakan islam tersebut, ada faktor lain yang mempengaruhi terjadinya perbedaan antara Nahdratul Ulama dan Muhammadiyah yaitu dari faktor pemahaman agama, pengaruh pendidikan, pengamalan dalam beribadah, struktur organisasi, dan peran politik. Pada faktor pemahaman agama Nahdratul Ulama dikenal dengan toleransinya terhadap tradisi-tradisi yang ada di Indonesia, sementara Muhammadiyah dikenal dengan istilah pemurnian Islam dan gebrakannya dalam dunia pendidikan. Perbedaan sudut pandang dan metode ijtihad yang dikembangkan oleh dua organisasi ini mempengaruhi pengamalan ibadah yang bersifat Furuiyah (cabang-cabang) dalam Islam, seperti menentukan awal bulan Ramadan, Syawal, Zulhijjah, dan lainnya.
Pada faktor pengaruh pendidikan, Muhammadiyah mampu menunjukkan eksistensinya pada segala bidang dan memiliki struktur yang jelas sehingga bisa mengayomi kebutuhan anggotanya, sementara Nahdratul Ulama memiliki arah dan perjuangan dakwah yang tidak bisa dilepaskan dari proses dan perkembangan budaya dan tradisi yang ada di masyarakat.
Pada faktor pengamalan beribadah antara Nahdratul Ulama dan Muhammadiyah adalah Nahdratul Ulama menggunakan qunut saat salat Subuh, sedangkan Muhammadiyah tidak. Selain itu, Nahdratul Ulama membaca sholawat/puji-pujian setelah adzan, melakukan tarawih 20 rakaat, dan niat shalat dengan membaca "Ushalli", sedangkan Muhammadiyah tidak melakukan hal-hal tersebut.
Pada Struktur Organisasi, Nahdratul Ulama memiliki struktur organisasi yang lebih terdesentralisasi, dengan banyak cabang dan lembaga yang beroperasi secara mandiri di berbagai daerah. Sedangkan Muhammadiyah memiliki struktur organisasi yang lebih terpusat dengan kepemimpinan pusat yang lebih kuat. Dan Peran dalam Politik, Nahdratul Ulama cenderung lebih terlibat dalam politik Indonesia dan telah mendukung beberapa partai politik, seperti Partai Kebangkitan Bangsa (PKB). Sedangkan Muhammadiyah, sementara aktif dalam masalah sosial dan pendidikan, cenderung kurang terlibat dalam politik aktif.
Perkembangan Nahdratul Ulama(NU) dan Muhammadiyah sampai hati ini.
Nahdlatul Ulama (NU) adalah organisasi Islam terbesar di Indonesia yang didirikan pada tahun 1926 oleh KH. Hasyim Asy'ari sebagai gerakan Islam moderat dengan tujuan mempromosikan ajaran Islam yang toleran dan inklusif, berpegang pada prinsip-prinsip ajaran Ahlus Sunnah wal Jama'ah. Selama perjuangan kemerdekaan Indonesia melawan penjajah Belanda, Nahdrataul Ulama memainkan peran penting dengan mendukung perjuangan nasional dan mendorong banyak anggotanya untuk berjuang dalam perang kemerdekaan. Setelah kemerdekaan, NU terus memegang peranan signifikan dalam politik nasional, menjalin hubungan kompleks dengan pemerintah, kadang mendukung, dan kadang menyuarakan kritik terhadapnya. Organisasi ini juga memiliki jaringan pesantren yang luas di seluruh Indonesia, yang digunakan untuk pendidikan agama Islam tradisional dan terlibat dalam kegiatan sosial, termasuk pendidikan, kesehatan, dan kesejahteraan sosial.
Selain itu, Nahdratul Ulama menganut pendekatan dialog antaragama dan toleransi, berperan dalam memediasi konflik antaragama, serta mendukung kerjasama antarumat beragama di Indonesia. Nahdratul Ulama juga aktif di tingkat internasional dan merupakan anggota Organisasi Kerja Sama Islam (OKI). Selama sejarahnya, NU mengalami perubahan kepemimpinan, dengan salah satu pemimpin yang sangat berpengaruh adalah KH. Abdurrahman Wahid (Gus Dur), yang kemudian menjadi Presiden Indonesia. Di bidang politik, Nahdrayl Ulama juga memegang pengaruh dalam pemilihan umum di Indonesia dengan kebijakan yang mendukung partai politik tertentu, seperti Partai Kebangkitan Bangsa (PKB).
Perkembangan Muhammadiyah sampai hari ini, Sejak didirikan pada tahun 1912 oleh KH Ahmad Dahlan, Muhammadiyah telah menjalani perkembangan yang menghadirkan berbagai perubahan dan tantangan sepanjang sejarahnya. Organisasi ini muncul sebagai gerakan Islam yang berfokus pada reformasi dalam tiga aspek utama: pendidikan, agama, dan sosial. Dengan tekad untuk memperbaiki kondisi sosial, Muhammadiyah tumbuh dan berkembang menjadi kekuatan penting dalam masyarakat Indonesia. Pendidikan selalu menjadi tulang punggung Muhammadiyah, yang mendirikan sekolah-sekolah, perguruan tinggi, dan universitas guna meningkatkan akses pendidikan bagi rakyat Indonesia. Hingga saat ini, Muhammadiyah masih berperan aktif dalam sektor pendidikan, memberikan kontribusi signifikan bagi kemajuan pendidikan di negara ini.